Процессы в Басманном, Мещанском и Московском городском судах и сопровождавшие их мероприятия были далеки от понятия законности и справедливости и напрямую координировались политическим руководством страны. Александр Темерко, бывший старший вице-президент «ЮКОСа» говорит: «Кремль ставил перед собой задачу провести показательные процессы и выполнил ее на все 100 процентов. Показательный процесс может сыграть действительно устрашающую роль только при одном условии: если тем, кому непосредственно адресован его устрашающий эффект, будет совершенно очевидно, что в основе этого процесса лежит полное беззаконие. Бизнесу, который в данном случае и является главной аудиторией, это стало ясно еще задолго до самого суда. И бизнес реально испугался. Но страх необходимо постоянно поддерживать, ибо он довольно быстро проходит. Поэтому Кремлю требуется суровое наказание и показательное унижение Ходорковского».
О ходе судебного заседания можно было узнать только со слов адвокатов подсудимых, так как оно происходило за закрытыми дверями. В коридорах суда тоже не скучали. Приставы обыскивали входящих в здание людей, причем особенно интересовались мобильными телефонами с фотокамерами. Итак, процесс приближался к финалу. Мещанский суд Москвы после 12 дней чтения обвинительного заключения вынес приговор Михаилу Ходорковскому, Платону Лебедеву и Андрею Крайнову. Бывший председатель правления НК «ЮКОС» приговорен к девяти годам лишения свободы. (Обвинение требовало приговорить его к 10 годам заключения.) Главе МФО «МГНАТГП» Платону Лебедеву придется отсидеть такой же срок за мошенническое завладение бюджетными денежными средствами в составе организованной группы. М. Ходорковский и П. Лебедев признаны виновными по всем обвинениям (7 статей УК РФ и УК РСФСР), за исключением эпизода, связанного с хищением 20 % акций ОАО «Апатит». Бывший генеральный директор АОЗТ «Волна» (одно из дочерних предприятий «ЮКОСа») Крайнов приговорен к пяти годам тюремного заключения условно за то, что в составе орггруппы завладел бюджетными средствами Волгоградской области на общую сумму 22,8 млрд рублей и причинил ущерб областному бюджету на сумму 53,2 млрд рублей. Также суд установил, что А. Крайнов причастен к совершению еще двух преступных эпизодов, связанных с завладением бюджетными средствами. В итоговом приговоре указано, что, кроме того, суд принял решение обратить в пользу государства в счет возмещения нанесенного вреда денежные средства со счетов М. Ходорковского и П. Лебедева. В общей сложности взыскано 48 тыс. долларов и 630 тыс. рублей — это все, что находилось у них на банковских счетах.
После того как приговор по делу Ходорковского — Лебедева — Крайнова после рассмотрения Мосгорсудом кассационной жалобы защиты вступил в законную силу (напомним, что сроки заключения Лебедеву и Ходорковскому были снижены на год, а срок условного наказания Крайнову — на полгода), защита заявила о намерении обратиться с жалобой в Европейский суд по правам человека. (Осужденный Ходорковский отбывает наказание в Энгельсе Саратовской области, а Лебедев этапирован в поселок Харп Ямало-Ненецкого АО). Как сообщил Юрий Шмидт, возможно, в Страсбург будет подана еще одна жалоба. В целом защита Ходорковского намерена указать на допущенные Россией нарушения статей 5, 6, и 7 Европейской конвенции о защите прав человека и основных свобод. «Борьба будет продолжаться, только она будет перенесена в другие инстанции», — заявил Шмидт. Кроме того, он и другой защитник Ходорковского — канадский адвокат Роберт Амстердам — заявили о намерении активно разъяснять мировому общественному мнению суть «дела Ходорковского». «То, что сейчас происходит в России, это отнюдь не поворот к законности», — подчеркнул Амстердам.
Но наиболее жесткий приговор последовал по делу заместителя управделами компании «ЮКОСМосква» Алексея Курцина, арестованного 18 ноября 2004 года в числе еще девяти подозреваемых, которым Генпрокуратура предъявила обвинение в растрате и легализации незаконно приобретенных денежных средств. Лефортовский суд Москвы приговорил его к 14 годам колонии строгого режима. Судья Елена Канева отнеслась к подсудимому строже, чем прокурор Овчинников. Он просил приговорить Алексея Курцина к 13 годам лишения свободы, а судья добавила год. Подобная карательная мера обычно присуждается за убийство.