Мысль об опере на сюжет «Фауста» впервые зародилась у Гуно во время его пребывания в Италии. Под впечатлением величественных итальянских пейзажей он стал делать наброски, связанные с Вальпургиевой ночью. Ими он думал воспользоваться, когда решится написать оперу. Однако конкретных планов ее создания еще не было. В 1856 г. Гуно познакомился с Ж. Барбье (1825–1901) и М. Карре (1819–1872), тогда уже известными либреттистами. Их привлекла идея написания «Фауста», которой поделился с ними композитор. Была она поддержана и дирекцией Лирического театра в Париже. Началась работа, но вскоре один из драматических театров поставил мелодраму на тот же сюжет. Директор Лирического театра счел, что конкурировать с мелодрамой опера не сможет, и в качестве компенсации предложил композитору написать оперу «Лекарь поневоле» по комедии Мольера. Гуно взялся за этот заказ, а тем временем премьера мелодрамы, несмотря на роскошную постановку, успеха не имела. Дирекция Лирического театра сочла возможным вернуться к оставленной было идее, и Гуно, который не прекращал работы над «Фаустом», а только замедлил ее, вскоре представил партитуру.
Барбье и Карре, перерабатывая трагедию Гете в либретто, взяли за основу одну лишь первую часть, причем выделили из нее лирическую линию. Главные изменения коснулись образа Фауста. Отошли на задний план философские проблемы. Фауст стал первым оперным лирическим героем. Трагедия была серьезно сокращена, некоторые сцены, как, например, в погребке Ауэрбаха и у городских ворот, где происходит встреча Фауста и Маргариты, объединены. Вагнер из педантичного ассистента Фауста превратился в приятеля Валентина. Один из веселых гуляк Зибель стал скромным юношей, верным поклонником Маргариты.
19 марта 1859 г. состоялась премьера «Фауста» на сцене Лирического театра в Париже. Формально опера относилась к комическому жанру, так как была написана с разговорными диалогами. Критика и часть публики не смогли оценить нового качества произведения, не принадлежащего к двум общепринятым разновидностям — «большой» или комической — оперы, не поняли, что присутствуют при рождении принципиально нового жанра — оперы лирической. Спектакль не пользовался успехом. Вскоре, для постановки в Страсбурге, которая была осуществлена в 1860 г., композитор заменил диалоги речитативами. Еще через несколько лет он написал развернутую балетную сцену «Вальпургиева ночь». С ней опера была поставлена на сцене парижской Большой оперы. Премьера состоялась 3 марта 1869 г. Впоследствии «Фауст», приобретший огромную и заслуженную популярность, ставился в разных редакциях, в том числе — в 4 актах с прологом.
Поздней ночью в своем кабинете старый доктор Фауст размышляет о бессилии науки. Он проклинает былые надежды и хочет принять яд, чтобы покончить с жизнью, пустой и бессмысленной. В отчаянии, с опустошенной душой он призывает злого духа. Появляется Мефистофель, который соблазняет ученого богатством, славой, властью. Но Фауст отвергает его дары: он мечтает о неосуществимом — о юности, о любви. Мефистофель предлагает сделку. На земле Фауст получит все, чего желает, зато потом попадет во власть ада. Чтобы утвердить Фауста в роковом решении, злой дух показывает ему прелестное видение — Маргариту за прялкой. Восхищенный Фауст подписывает условие и выпивает чашу с волшебным зельем. Происходит чудесное превращение, он становится цветущим юношей и спешит разыскать ту, чей облик его пленил.
Городская площадь. У погребка пируют горожане. Среди них Вагнер и Зибель, друзья Валентина и его сестры Маргариты. Валентин уходит в поход. Нежно любимую сестру он поручает верному другу Зибелю. В толпе появляется Мефистофель. Присоединившись к пирующим‚ он предсказывает трем друзьям их судьбу: Вагнер падет в первом же бою, в руках Зибеля цветы тотчас увянут. Что же касается Валентина — Мефистофель знает руку, от которой тот погибнет. Он предлагает всем выпить, протыкает шпагой бочонок, нарисованный на вывеске погребка, из бочонка бьет винная струя. Мефистофель поднимает тост за Маргариту. Валентин и Вагнер бросаются на него с обнаженными шпагами, чтобы отомстить за честь девушки, но шпага Валентина ломается. Невидимая сила никому не дает приблизиться к духу зла. Понимая, с кем имеют дело, друзья обороняются от него крестом. Входит Фауст, жаждущий встречи с прекрасной девушкой. Площадь заполняется танцующими. Увидев Маргариту, Фауст спешат предложить ей руку, но девушка застенчиво отказывается.