После окончания проверки наркому Бабкину была представлена докладная записка за подписями Богданова, Головкова, Забелева, в которой указывалось, кто арестован по имевшимся следственным делам, какие даны показания и какие в этих показаниях имелись противоречия. В дальнейшем Богданов напрямую этим вопросом не занимался, а тем более не руководил разработкой дела о «Националистах», поскольку значительную часть времени находился в командировках.
Данному следственному делу тогда придавалось большое значение, так как показаниями арестованных изобличалась большая группа ответственных работников. В Алма-Ате дело велось сотрудниками Следственного и Секретнополитического отделов казахастанского НКВД. В передопросе обвиняемых участвовал сам нарком внутренних дел Бабкин. При этом прокуратура республики постоянно осуществляла проверки хода следствия. Весьма внушительная и квалифицированная команда специалистов вряд ли допустила бы серьёзные огрехи в следственном деле.
В конце концов, затяжным кустанайским делом о «Националистах» занялись московские власти, и материалы передали Особому совещанию НКВД СССР. Очевидно, для того чтобы в условиях военного времени навести порядок в глубоком тылу, этот внесудебный орган 9 декабря 1942 года вынес постановление об осуждении к высшей мере наказания (расстрелу) 3 человек, а 5 человек были осуждены на 10 лет лишения свободы каждый. Из
Так бы это следственное дело и кануло в Лету, однако родственники восьмерых, жестоко наказанных Особым совещанием, да и пятеро осуждённых, находившихся за решёткой, стали активно писать жалобы, требуя разобраться с неправедно решённым вопросом. В связи с этим дело перепроверялось местными органами госбезопасности, а в 1943 году в Алма-Ату специально приезжала бригада НКВД СССР. В результате проверки агентурных и следственных материалов усмотрели наличие провокационных донесений и фальсификацию показаний арестованных. Было признано, что националистической организации не существовало, а имелись лишь отдельные антисоветские группы. Некоторые дела прекратили, часть осуждённых освободили, а остальным подтвердили срок наказания за конкретные факты антисоветской деятельности. Полностью реабилитирован не был никто. Чтобы приструнить исполнителей дела, указали на то, что работники, проводившие следствие, применяли
Материалы проверки, проведенной в 1943 году, были доложены в ЦК ВКП(б). С его ведома «работники, виновные в фальсификации следственных материалов», понесли наказания. При этом Богданову не предъявлялось никаких претензий. Более того, после того как он сам стал наркомом внутренних дел Казахской ССР, то своей властью объявил взыскания перешедшим в его непосредственное подчинение работникам Кустанайского УНКВД за то, что они не выполнили указание о немедленном прекращении арестов по делу «Националисты» [А. 13].
Особое совещание при НКВД СССР, по-видимому, ещё дважды по казахстанскому делу принимало постановления — от 14 февраля 1945 года и от 9 декабря 1947 года, но существо этих решений нам не известно.