13 февраля 1575 года состоялась коронация. Через два дня Генрих вступил в брак с Луизой де Водсмон. Луиза происходила из не очень знатного рода. Возможно, этим браком Генрих хотел продемонстрировать свою независимость от воли матери. Екатерина Медичи подыскивала сыну невесту, руководствуясь прежде всего политическими мотивами. В любом случае, Генрих не прогадал — Луиза всю жизнь оставалась верной и преданной женой. Брак омрачало только отсутствие потомства. По всей видимости, бесплодной была Луиза, но французы того времени подозревали, что виноват король. Во-первых, он не имел внебрачных детей, что было «не принято». На самом деле глубоко религиозный Генрих III был убежден, что бесплодие — Божья кара за прошлые «случайные связи», и дал обет воздерживаться от подобных поступков впредь. Во-вторых, из-за элегантности Генриха, его любви к всевозможным нарядам, ношению серег, употреблению благовоний его считали гомосексуалистом. Это мнение «подтверждалось» тем, что при дворе большой вес имела группа из четырех талантливых молодых дворян, которые пользовались особой благосклонностью Генриха. Непонятно, личные заслуги этих фаворитов или их сексуальные отношения с Генрихом стали причиной этой благосклонности. Известно, что фавориты вели себя вызывающе по отношению к другим дворянам. Возможно, что распространение слухов об их «близости» с Генрихом — не что иное, как обыкновенная придворная месть. Но слухи эти привели к тому, что на протяжении веков нестандартность сексуальной ориентации короля под сомнение не ставилась. Только позднее многие историки пришли к мнению, что ответ на вопрос «был ли Генрих III гомосексуалистом?», по меньшей мере, не однозначен.
Придя к власти, Генрих начал проводить целый ряд прогрессивных реформ в различных сферах: налогообложение, церемониал, законодательство, армия, этикет. Но большинству из этих реформ было не суждено воплотиться в жизнь. Положение в стране оставалось очень напряженным, и вскоре у короля просто не осталось времени и возможностей заниматься своими нововведениями.
В 1576 году Генрих III подписал во время переговоров с гугенотами эдикт, объявляющий свободу вероисповедания на всей территории Франции. Этот шаг привел к созданию Католической Лиги, в которую вошли представители радикально настроенной католической знати. Лига поставила себе цель продолжать борьбу против гугенотов. Возглавил Лигу Генрих Гиз. Лига смогла добиться от Генриха III отмены эдикта и продолжения гражданской войны. В ходе военных действий католики одержали несколько побед, и в сентябре 1577 года был заключен мир на невыгодных для гугенотов условиях.
В 1580 году началась еще одна война, в которой, впрочем, победитель не определился. Вслед за этим наступил период относительного спокойствия. В это время Генрих III стал очень много внимания уделять религии. В ней он мог найти утешение и отдых от личных неприятностей и проблем государства. Генрих и раньше был глубоко верующим человеком, сейчас же его религиозность достигла апогея. Недоброжелатели даже обвиняли короля в том, что он выставляет свою религиозность напоказ, стараясь прикрыть таким образом собственные пороки.
Он организовал «Братство кающихся грешников Благовещенской Богоматери», сам участвовал в шествиях членов этого братства. Для него и его свиты было построено несколько келий в одном из монастырей в Венсенском лесу. Незадолго до возобновления гражданских войн он организовал еще одно братство:
«Братство смерти и страстей Господа нашего Иисуса Христа». В эту группу входили приближенные Генриха. По пятницам они собирались в Лувре, пели псалмы, молились, даже укрепляли дух самоистязаниями. За это пристрастие к отправлению религиозных культов Генрих III получил прозвище король-монах.
Через четыре года шаткое равновесие было нарушено непредвиденным происшествием: неожиданно умер младший брат Генриха III, Франциск. Напомним, что детей у Генриха не было. Таким образом, наследником французской короны становился Генрих Наваррский (с этого момента, чтобы не запутаться в Генрихах, мы будем называть его Наваррой, как принято во многих источниках). Генрих III долго колебался и в конце концов признал Наварру своим преемником. Но тот давно вернулся к протестантской вере и был лидером гугенотов. Такой наследник категорически не устраивал Католическую Лигу. Для того чтобы не допустить его на трон, Гизы были готовы на все. Они даже заручились поддержкой Испании. В 1585 году Екатерина Медичи и Генрих III под двойной (внешней и внутренней) угрозой были вынуждены подписать эдикт, запрещающий совершение религиозных обрядов протестантизма под страхом смертной казни. Таким образом, Наварра теперь автоматически не мог быть наследником престола. Папа Римский отлучил его от церкви, а преемником Генриха III был объявлен кардинал Шарль Бурбон.