Тогда Наварра развязал войну, получившую название войны трех Генрихов: Валуа, Наваррского и Гиза. Король оказался между двух огней. С одной стороны, последний эдикт сделал его врагом гугенотов, с другой — Генрих Гиз практически подчинил его своей воле. Особенно ухудшилось положение короля после того, как 20 октября 1587 года Наварра одержал победу при Котрэ. Только хитрость Генриха III спасла католиков от гораздо более серьезного разгрома. Он подкупил вражеских наемников, итев решающий момент отступили. Но после поражения при Котрэ король снова был вынужден искать мира с гугенотами и подписал эдикт о свободе вероисповедания.
Это вызвало протест среди населения Парижа. Горожане и так были недовольны Генрихом III. Короля считали виноватым во всех бедах: от военных неудач до недостатка продовольствия. Генриха Гиза жители города, наоборот, боготворили и называли «королем Парижа». Опасаясь мятежа, король запретил Гизу появляться в городе. Но 12 мая 1588 года Генрих Гиз прибыл в Париж и поднял восстание. Позже этот день был назван «днем баррикад». В очередной раз политический талант продемонстрировала королева-мать. Она стала вести длительные переговоры с мятежниками. Гизы потребовали отречения Генриха III от престола. Но Екатерина выиграла сыну время для того, чтобы тот покинул Париж.
После Екатерина стала вести переговоры о том, чтобы Генрих III усыновил сына своей сестры, который в то же время приходился племянником Генриху Гизу. Это должно было привести к патовой ситуации в противодействии Гизов и Валуа и объединить их интересы.
Генрих III был вынужден во всем подчиняться Католической Лиге: опять признать гугенотов вне закона и сделать Генриха Гиза генерал-лейтенантом. Гизы подвергали короля все новым и новым унижениям. Они открыто заявляли, что королю лучше уйти в монастырь. Герцогиня Монпансье, сестра Генриха Гиза, повсюду носила при себе ножницы, говоря, что готова выстричь Генриху Валуа тонзуру. Казалось, что ничто не может помешать Гизам прийти к власти.
Но, несмотря на внешнюю покорность, Генрих III не собирался сдаваться. Он только ждал удачного момента, чтобы нанести ответный удар. Такой момент представился в августе 1588 года. Испанская «Непобедимая армада» потерпела поражение от английского флота. Таким образом, Испания была вынуждена отвлечься от помощи Католической Лиге Франции. Генрих не упустил своего шанса вырваться из-под власти Гизов. В ночь на 24 августа 1588 года по его приказу были убиты как бунтовщики Генрих Гиз и его брат, кардинал Лотарингский Луи Гиз. Это неминуемо должно было привести и привело к мятежу. Католическая Лига объявила об отречении Генриха Валуа от престола и взяла власть в Париже в свои руки. Королю или экс-королю ничего не оставалось, как искать союза с Наваррой. Два Генриха совместно выступили против Парижа и других мятежных городов. Генрих Валуа при этом тоже был отлучен папой от церкви.
После смерти Генриха и Луи Гизов Католическую Лигу возглавил их младший брат, герцог Майенский. Он и его сестра герцогиня Монпансье стремились отплатить Генриху Валуа за смерть своих братьев. Католические священники призывали своих прихожан отомстить. Среди католиков было немало фанатиков, так что подобрать подходящую кандидатуру на роль «руки божественного правосудия» оказалось несложно. Роль эта досталась 22-летнему монаху-доминиканцу Жаку Клеману. Молодой фанатик был убежденным и активным сторонником Гизов. После нескольких бесед настоятель монастыря на улице Святого Якова в Париже смог убедить Жака Клемана не только в необходимости убить «еретика» Генриха Валуа, ноив том, что благодаря божественному вмешательству юноша станет неуязвимым и даже невидимым для врагов. Кроме того, помимо «божественного провидения» гарантией «безопасности» Клемана должны были стать заложники. По распоряжению герцогини Монпансье в Париже было арестовано триста сторонников Генриха III.
Меж тем войска Генрихов осадили Париж. Лагерь короля располагался в предместье Сен-Клу. Клеман прибыл в Сен-Клу 31 августа 1589 года. Он назвал себя послом от Католической Лиги и попросил аудиенции уГенриха III. Король, как мы знаем, не любивший военных действий и стремившийся к урегулированию конфликта путем переговоров, решил принять молодого монаха. 1 августа аудиенция была предоставлена. Кинжал Клеман смог пронести в складках рясы. Встретившись с Генрихом III, молодой фанатик подошел к королю и передал ему письмо, якобы являющееся посланием от Католической Лиги. В этот же момент убийца выхватил нож и нанес своей жертве несколько ударов кинжалом в живот. Генрих упал с криком: «Проклятый монах, он убил меня!» Интересно, что Клеман даже не пытался спастись бегством, настолько глубока была его вера в божественную защиту. Но, видимо, человек, только что нарушивший заповедь «не убий!», на подобное покровительство рассчитывать не должен, что бы ни говорил настоятель монастыря на улице Святого Якова. Вбежавшая на крик короля охрана прикончила убийцу на месте.