Между тем самые разнообразные слухи о смерти Дмитрия распространяются по стране. Уже 19 мая в Углич прибывает «следственная комиссия», которую возглавляет князь Василий Шуйский (будущий царь Василий IV). Несколько слов следует сказать об этом человеке. Опала, в которую попали Шуйские, коснулась Василия в меньшей степени, чем большинства его родственников. Он, как и многие, был удален из Москвы, но вскоре возвращен в столицу. Возможно, возглавить комиссию ему поручили как раз из-за того, что Шуйские считались противниками Годунова. Это должно было сделать расследование беспристрастным, или. создать видимость этой беспристрастности. Вполне возможно, что «правильными» результатами расследования Василий Шуйский мог постараться заполучить расположение стоявшего у власти Годунова. Также весомое положение в комиссии занимал Андрей Клешнин, которого летописные источники называют одним из основных организаторов покушения. Как бы то ни было, в Угличе они собрали массу свидетельств того, что смерть Дмитрия стала несчастным случаем. Более подробные сведения о расследовании и его деталях можно найти в «Истории государства Российского» H. М. Карамзина или «Истории России с древнейших времен» С. М. Соловьева. Но некоторые детали следует назвать. Присутствовавшие при смерти царевича заявили о том, что Дмитрий играл с детьми в «тычку» (игра с ножом), с ним случился эпилептический припадок и он несколько раз проколол себе горло. Но тут следует отметить, что подробные сведения дала только Василиса Волохова, мамка царевича, подозреваемая в соучастии. Две другие свидетельницы, кормилица Ирина и постельница Марья, только односложно подтверждали ее слова. Не исключено, что они были запуганы.
Дети, игравшие, или якобы игравшие, с царевичем, тоже кратко подтвердили слова женщин, но… когда их спросили, кто еще присутствовал при этом, они указали на Ирину и Марью, а Василису Волохову почему-то пропустили. «Следователи» не обратили на это противоречие внимания.
На смерти Дмитрия от рук убийцы настаивали практически все Нагие, кроме некоего Григория, который, возможно, был запуган или «прельщен». Но никто из них, включая Григория, не присутствовал на месте предполагаемого преступления. Подозрение вызывают и вопросы, которые задавали Михаилу Нагому: «Каким обычаем царевича Димитрия не стало? И что у него была за болезнь? Для чего он, Нагой, велел убить Михайлу Битяговского, сына его Данилу, Никиту Качалова, Данилу Третьякова, Осипа Волохова, посадских людей, слуг Битяговского и Волохова, и для чего он велел во вторник сбирать ножи, пищали, палицу железную, сабли и класть на убитых людей? Посадских и сельских многих людей для кого сбирал?» Во-первых, в вопросах невооруженным взглядом видна предвзятость. Во-вторых, непонятно, откуда «следователи», только что приехав в Углич (Михаил Нагой был допрошен первым), знают столько подробностей о произошедшем. После этого трудно назвать следствие беспристрастным.
Кроме того, с особой тщательностью Шуйский и его спутники собирали свидетельства о болезни Дмитрия. Было выяснено, что в приступах падучей царевич часто кусал руки находившихся рядом и старавшихся помочь людей, а однажды даже проколол своей матери руку большим гвоздем.
В общем, несмотря на целый ряд очень противоречивых свидетельств, следствие составило и отправило царю следующее заключение:
«Димитрий, в Среду Майя 12, занемог падучею болезнию; в Пятницу ему стало лучше: он ходил с Царицею к Обедне и гулял на дворе; в Субботу, также после Обедни, вышел гулять на двор с мамкою, кормилицею, Постельницею и с молодыми Жильцами; начал играть с ними ножом в тычку, и в новом припадке черного недуга проткнул себе горло ножом, долго бился о землю и скончался. Имея сию болезнь и прежде, Димитрий однажды уязвил свою мать, а в другой раз объел руку дочери Андрея Нагого. Узнав о несчастий сына, Царица прибежала и начала бить мамку, говоря, что его зарезали Волохов, Качалов, Данило Битяговский, из коих ни одного тут не было; но Царица и пьяный брат ее, Михайло Нагой, велели умертвить их и Дьяка Битяговского безвинно, единственно за то, что сей усердный Дьяк не удовлетворял корыстолюбию Нагих и не давал им денег сверх указа Государева. Сведав, что сановники Царские едут в Углич, Михайло Нагой велел принести несколько самопалов, ножей, железную палицу, — вымазать оные кровью и положить на теле убитых, в обличение их мнимого злодеяния».