Многим простолюдинам были неприятны его иностранные манеры, отход от многих старинных обычаев и непонятны затеянные им реформы. Тем не менее открытой неприязни к новому царю народ не выявлял и часто даже расправлялся с теми, кто распускал слухи о том, что он самозванец. Лжедмитрий не был свергнут народом, а потерял власть и жизнь в результате заговора.
Василий Шуйский начал первый заговор против нового царя еще до вступления его на престол. Для Шуйского Лжедмитрий был удобным способом избавиться от Годуновых. Но, выполнив это предназначение, он только мешал рвущемуся к власти князю. Василий начал подготовку заговора, но он был раскрыт. Шуйские и их сторонники отправились в ссылку, но очень скоро были прощены и вернулись в Москву. Как мы видим, Лжедмитрий не стремился избавиться от такого опасного свидетеля, как Василий Шуйский, и многие видят в этом одно из доказательств того, что сам он верил в свое царское происхождение.
Василий Шуйский стал готовить новый заговор, на сей раз более основательно. Он смог собрать много единомышленников, которым открыто рассказал, что объявил Лжедмитрия царевичем только для того, чтобы избавиться от Годунова. Он также смог убедить многих бояр в том, что власть нового царя ставит под угрозу русское православие, что царь во всем будет потакать иностранцам, и в частности полякам. Кроме того, Шуйский смог обзавестись поддержкой войска. В его распоряжение попал восемнадцатитысячный отряд, собранный для похода в Крым и находящийся под Москвой. Накануне мятежа состоялась тайная ночная встреча заговорщиков. Было принято решение по сигналу ворваться во дворец с криками «Поляки бьют государя!» (речь идет о многочисленной свите Марины Мнишек и ее отца). После следовало окружить царя, как бы стараясь защитить, и убить его. Также нападению должны были подвергнуться дома, в которых останавливались приехавшие поляки.
В ночь с 16 на 17 мая верные Шуйскому войска проникли в город. Около четырех часов утра раздался условный сигнал — набат на многих колокольнях. Шум разбудил царя, и он отправил Басманова выяснить, что случилось. Встреченные Басмановым бояре отвечали, что не знают, в чем дело, возможно, где-то случился пожар. Шум усиливался, и Лжедмитрий опять послал Басманова выяснить, в чем дело. На этот раз уже собравшаяся толпа стала требовать, чтобы Басманов выдал самозванца. Стража была напугана. Один из заговорщиков смог ворваться в опочивальню Лжедмитрия и крикнул царю: «Ну, безвременный царь! Проспался ли ты? Зачем не выходишь к народу и не даешь ему отчета?» Он был убит Басмановым. Схватив меч у одного из охранников, царь вышел наружу и, потрясая мечом, закричал: «Я вам не Годунов!» Раздались выстрелы, и ему пришлось ретироваться. В это время пришли бояре-заговорщики. Басманов стал уговаривать их не выдавать царя толпе, но один из них выхватил нож и убил его.
Толпа стала напирать на стражу. Царь еще раз пытался выйти к мятежникам и урезонить их, но это ничего не дало. Тогда он бросился в покои жены и велел ей спасаться. Сам он после этого выпрыгнул из окна на подмостки, приготовленные для празднования свадьбы, попытался перепрыгнуть на соседние подмостки, но оступился, упал с большой высоты и сильно разбился: подвернул ногу и повредил грудь.
Толпа ворвалась во дворец и стала искать царя. Марине Мнишек случайно удалось спастись: полуодетую женщину не узнали, и она успела скрыться в своих покоях. Говорят, что ей даже пришлось спрятаться под юбку одной из своих приближенных. От неминуемой расправы Марину Мнишек спасли бояре, стоящие во главе заговора.
Тем временем разбившийся Лжедмитрий был найден стрельцами, привлеченными к мятежу. Придя в себя, он смог уговорить солдат принять его сторону, обещать в награду имения заговорщиков. Стрельцы внесли царя во дворец и отказались выдать Шуйскому и его сторонникам. Для мятежников ситуация стала критической. Они решились на крайность, объявили стрельцам, что отправятся в Стрелецкую слободу и перебьют семьи стрельцов. Это напугало новых сторонников Лжедмитрия. Они предложили еще раз позвать Марфу и спросить, действительно ли это ее сын. Пока ходили к Марфе, мятежники ругали и били царя, спрашивая, кто он такой. На все вопросы он отвечал: «Вы все знаете, что я царь ваш, сын Ивана Васильевича. Спросите обо мне мать мою или выведите меня на Лобное место и дайте объясниться».