Сразу по прибытии Колчак явился к командующему флотом вице-адмиралу С.О. Макарову. А всего через несколько дней, 31 марта, он стал свидетелем гибели адмирала на подорвавшемся на мине и затонувшем флагманском броненосце «Петропавловск». Степана Осиповича Макарова Колчак считал своим учителем.
В Порт-Артуре он, пробыв недолго на крейсере «Аскольд», назначается командиром миноносца «Сердитый». За сравнительно недолгое время он успел отличиться: на поставленной экипажем его миноносца мине подорвался японский крейсер «Такасаго»[7]
.В начале осени, когда основные боевые действия разворачивались уже на суше, больной ревматизмом Колчак назначается на берег командиром батареи морских орудий.
После капитуляции Порт-Артура в канун нового 1905 года Колчак попал в плен вместе со всем гарнизоном крепости. Война для него закончилась. В числе других пленных он был вывезен в Японию, в Нагасаки, а весной, еще до окончания войны, отпущен на Родину. В Петербурге медкомиссия признала его инвалидом и дала полугодичный отпуск для лечения на водах.
За героизм, проявленный на войне, Колчак был награжден золотой саблей с надписью «За храбрость» с формулировкой «За отличия в делах против неприятеля в Порт-Артуре»[8]
, а также орденами Св. Станислава 2-й степени с мечами и Св. Анны 4-й степени с надписью «За храбрость».После лечения Колчак завершил отчеты об обеих полярных экспедициях и представил их в Академию наук. Их материалами живо интересовался сам президент Академии великий князь Константин Константинович. Они оказались настолько богатыми, что для их изучения и обработки была создана специальная комиссия Академии наук, проработавшая до 1919 года.
Имя Колчака приобретает широкую известность в научных кругах. Исследования двух экспедиций легли в основу его капитальной научной монографии «Лед Карского и Сибирского морей»[9]
, изданной Академией наук и в 1928 году переизданной Американским географическим обществом в сборнике «Проблемы полярных исследований», где были собраны работы свыше 30 наиболее известных полярных путешественников.В этом фундаментальном труде Колчак открыл, что арктический ледовый пак совершает движение по часовой стрелке, причем «голова» этого гигантского эллипса упирается в Землю Франца-Иосифа, а «хвост» находится у северного побережья Аляски. Им был введен в научный оборот ряд новых океанологических терминов.