Уже в 1906 году, после представления Академии официального отчета об экспедициях, Колчак возвращается на военную службу. Горечь и потрясение, пережитые им и многими другими патриотически настроенными молодыми офицерами от разгрома и фактической гибели родного флота в минувшую войну под Порт-Артуром и Цусимой, побудили их на основе собственного боевого опыта и с учетом уроков войны в целом к разработке программы возрождения флота и его коренной технической и организационной модернизации.
Поражение в войне с Японией было тем более унизительным, что по военному потенциалу Россия превосходила Японию, и даже немецкие военные специалисты считали, что, если бы война продлилась еще год-два, она окончилась бы победой России. В первоначальных поражениях сыграли роль недооценка противника (Япония первой среди стран Азии провела у себя масштабную модернизацию, на англо-американские кредиты оснастила свою армию и флот первоклассным новейшим вооружением), малочисленность русских войск на Дальнем Востоке, а потом войну пришлось прервать из-за вспыхнувшей в тылу революции 1905 года. По сути, в схожем положении оказались в 1941 году США, потерпевшие от Японии сокрушительное поражение при Перл-Харборе: тогда им потребовалось четыре года, чтобы мобилизовать весь свой гигантский военно-промышленный потенциал и разгромить Японию (к счастью для них, времена революций в США миновали). А одной из причин первых поражений американцев была все та же недооценка противника.
Так или иначе, война с Японией преподнесла русским морякам жестокий урок, и лучшие из них извлекли из него необходимые выводы. Одним из первых результатов настойчивых записок Колчака и его единомышленников стало создание в том же 1906 году Морского генерального штаба – специального органа по разработке оперативно-тактических, технических и организационных планов подготовки флота к войне. Наряду с ним сохранился и старый Главный морской штаб, по-прежнему ведавший кадровым составом флота и административно-хозяйственными вопросами.
Сразу же после образования Морского генерального штаба Колчак, в 1907 году произведенный в капитан-лейтенанты, а в 1908 – в капитаны 2-го ранга, получил назначение в него в качестве начальника статистического отделения. Вдруг он оказался, можно сказать, «не по чину», одной из центральных фигур в деле разработки программы возрождения флота[10]
. Его талант блеснул новыми гранями. Как генератор идей и организатор он проявляет редкую энергию и оказывает большое влияние на офицерскую молодежь. Вокруг него группируется кружок единомышленников – молодых офицеров, прозванных в шутку «младотурками», который выступает вскоре с развернутой и обоснованной по всем статьям программой модернизации флота.Параллельно капитан Колчак становится экспертом комиссии по обороне Государственной думы, возглавляемой лидером партии октябристов, энтузиастом развития военной мощи России А.И. Гучковым, выступает с докладами в этой комиссии и в различных общественных собраниях.
Было ясно, что одной из причин трагедии русского флота в войне с Японией явилась наша отсталость. Флот был большой, но корабли строились хаотично, без четкого плана, имели разнокалиберные орудия, слабую броню, плохо стреляли. В руководстве флота засели старые косные адмиралы, мыслившие отжившими категориями; по признанию самого Колчака, единственным светлым деятелем флота в доцусимский период был все тот же С.О. Макаров[11]
. Боевая подготовка была далека от новых требований. Все эти обстоятельства во многом и привели к трагедии Порт-Артура и Цусимы.В Морском генштабе, который моряки сокращенно называли «Генмор», Колчак возглавлял комиссию по изучению военных причин Цусимского разгрома. В частности, он пришел к выводу, что серьезной ошибкой русского командования было непринятие мер к нарушению радиосвязи у японцев, сыгравшей колоссальную роль в ходе боя.
Наиболее сложной проблемой после поражения в войне с Японией было восстановление материально-технической базы флота с использованием новейших достижений науки и техники в области кораблестроения, вооружения и технических средств. Но прежде надо было определить,
В противоположность сторонникам содержания для России лишь «малого» флота, достаточного для обороны побережий, Колчак выступал убежденным поборником строительства мощного линейного флота для выполнения широких стратегических задач на просторах Мирового океана.