В начале XIII века вновь всплывает имя царя Иоанна: в Палестине стали распространяться упорные слухи, что на помощь находящимся в опасности крестоносцам идёт преемник царя Иоанна, покоривший уже не одно государство. Впоследствии оказалось, что это был Чингиз-хан, правитель монголов, который действительно в 1244 году взял Иерусалим.
Папа Иннокентий IV посылал на Восток три миссии — последнюю в 1253 году во главе с Вильгельмом Рубруком. Описание этого путешествия сохранилось. Всем миссионерам, помимо их прямого задания обращать монголов в христианскую веру, было дано также тайное поручение найти пресвитера Иоанна и его царство. Последний из них по возвращении мог лишь сообщить, что все слухи об этой личности относятся к какому-то правителю горцев-катаев или кидушей и найманов, которого несториане называли царем Иоанном. Но более точных сведений о существовании этого царя ни от кого получить не удалось.
Отметим ещё письма францисканца Монте-Корвино, впоследствии Пекинского архиепископа, датированные 1305 и 1306 гг., в которых он упоминает о несторианском царе в Индии — Георгии, которого называли также индийским пресвитером Иоанном и которого он якобы обратил в католическую веру. О нем же говорит в описании своих путешествий по Азии прославленный Марко Поло (LXXIV), который считает Георгия шестым царем во времени пресвитера Иоанна. В конце XV века король Португалии, посылая знаменитого путешественника Васко да Гама в Индию вокруг Южной Африки, с большой почтительностью дал ему также поручение и к царю Иоанну. Но, как видим, никто из этих людей не указал пути к разгадке личности легендарного правителя.
И всё же слухи не иссякали. В XV веке возникла новая версия этой легенды. Марко Поло в своих трудах называл Среднюю Индию Абасией, что позже смешалось с Абиссинией, и пресвитера Иоанна стали искать в Эфиопском государстве. Туда отправляются посольства, признающие абиссинского правителя — обладавшего в то время большой властью и имевшего сильное влияние на другие народы Африки, куда не простиралась рука легендарного царя — в качестве царя Иоанна. Вот почему абиссинский негус до последнего времени к прочим своим титулам прибавлял и "царь царей". Такой взгляд господствовал до XVII века, когда Абиссиния именовалась ещё "Regnum Presbyteri Johannis". Но в конце концов эта версия все-таки была призвана ошибочной.
Таким образом, о личности пресвитера Иоанна высказывались различные совершенно противоположные мнения. Взгляды ученых также очень разнятся. Крайне широк диапазон имеющихся интерпретаций и с филологической точки зрения. Многие отождествляют пресвитера Иоанна с одним из монгольских, татарских или китайских правителей и ханов. Иные приравнивали его даже к Далай-ламе Тибета, а его сказочную власть — к Тибетской иерархии, о которой в сознании европейцев было самое фантастическое представление" ("Братство Грааля", с. 28–31).
Церковь отрицает существование Пресвитера Иоанна как реального исторического лица, объявляя его переписку с папами подложной. В энциклопедическом словаре «Христианство» приводится список путешественников, ученых и миссионеров убежденных в том, что за именем Пресвитера Иоанна скрывается какое-то другое историческое лицо:
"С падением владений крестоносцев в Палестине слухи об И. П. утихают, но они возрождаются с появлением авангарда армии Чингисхана в Персии и Армении. Монгольского хана считают то И. П., то сыном его Давидом, а монголов — христианами. Убедившиеся в ошибке католические миссионеры, ездившие по двору Чингисхана в Каракорум, а также позднейшие путешественники разыскивают повсюду И. П. Плано-Карпини отводит его в Индию; Рубруквис считает его государем разбитых Чингисханом каракиданей, смешивая Чингисхана с Ван-ханом кераическим. Марко-Поло находит потомков первого И. П. в лице монгольских князьков, несториан, кочевавших в стране Тянь-до или Тендух, в Ордосе. Но розыски оказались безуспешными, и потому в 1487 португальский король Иоанн II отправил в Абиссинию экспедицию, признавшую местного царя И. П. Эрбело считает его Ван-ханом, вождем кераистов, Фишер — несторианским католикосом, Олперт и Царнке отождествили его с Элюй-даши, вождем Си-ляо, а Брун — с грузинским Иваном, жившим при Дмитрии I, из династии Багратидов" ("Христианство", Энциклопедический словарь", т. I, с. 629–630).
Е. И. Рерих связывает фигуру Пресвитера Иоанна с Владыкой Шамбалы: