Ко времени завоевания Восточной Персии и Средней Азии относятся первые открытые проявления недовольства в среде командного состава македонского войска. Когда Александр был в Египте, возник заговор Филоты, командира гейтаров, сына одного из старейших и опытнейших полководцев македонской армии — Пармениона. В Восточной Персии Филота был арестован, подвергнут пыткам и предан суду, который происходил в собрании македонского войска. Филота был присужден к смертной казни и расстрелян из луков. Вслед за исполнением приговора Александр приказал умертвить Пармениона. Осенью 328 года до н. э. на царском пиру в порыве гнева Александр убил одного из самых преданных ему полководцев — Клита.
Вскоре против Александра организуется заговор пажей. Это была знатная македонская молодежь, несшая личную службу по охране особы царя. Пажи, имея постоянный доступ к царю, предполагали умертвить его в постели. Заговор был раскрыт, суд македонцев приговорил заговорщиков к смертной казни, и они были побиты камнями. Источники говорят о чисто личных мотивах, которыми руководствовался инициатор заговора паж Гермолай. Однако, если проследить состав заговорщиков, то можно видеть, что все они вышли из кругов македонской аристократии, враждебно настроенной по отношению к Александру. Пажи, имея постоянный доступ к царю, предполагали умертвить его в постели. Заговор был раскрыт, суд македонян приговорил заговорщиков к смертной казни, и они были побиты камнями. К делу пажей был привлечен Каллисфен, придворный историограф, сопровождавший Александра в его походах. Ранее Каллисфен восторженно относился к Александру, но, будучи воспитан в греческих понятиях о свободе, он не мог примириться с политикой, проводимой Александром, и, когда была сделана попытка ввести проскинесу, не скрыл своего отрицательного отношения к этому церемониалу. Привлеченный по делу пажей, он был подвергнут заключению и допросу, а позже (в 327 г. до Р. Х.) казнен.
Борьба в рядах македонской знати, с одной стороны, и изменения в условиях ведения войны — с другой, обусловили необходимость проведения реформ в армии. Разные роды оружия соединялись теперь в одну тактическую единицу. Во главе гетеров и комбинированных частей были поставлены ближайшие сподвижники Александра. Прежние командиры — представители враждебной Александру части македонской знати — были либо смещены со своих постов, либо погибли. Александр придал большую мобильность македонской фаланге, увеличил конницу, создал специальные отряды конных копейщиков и лучников.
После окончания военных действий предметом особой заботы Александра Македонского было дальнейшее укрепление армии — главной опоры македонского господства. В армии произошли к этому времени крупные перемены: в нее были включены 30 тысяч персидских юношей (эпигонов), снабженных македонским оружием и обученных по македонски. В состав конницы вошли лучшие персидские, согдианские и бактрийские всадники. Затем Александр собрал македонских воинов и отдал приказ о награждении больных и отслуживших и об отпуске их на родину.
Этот приказ вызвал бурю негодования: воины требовали роспуска всей армии, щедрых наград и кричали Александру, что дальше он может воевать один. Протест принял резкие формы и охватил всю массу греко-македонских воинов. Александр прибегнул к крайним мерам: зачинщики были немедленно схвачены и казнены. Однако вместе с тем Александр вынужден был пойти навстречу требованиям войска: через несколько дней каждому воину была выдана плата не только за прошлую службу, но и вперед — за время, необходимое для возвращения домой. Десять тысяч македонцев были отправлены на родину.
Александр продвигался на юг, вниз по Инду, встречая значительное сопротивление. В битве с малийцами, около современного города Мултан он был серьезно ранен. Поправившись, он достиг устья Инда, по пути исследуя окружающую местность. Здесь был построен флот, и Александр под командованием Неарха послал его на запад — через Аравийское море, в Персидский залив, разведывая неизвестный до тех пор морской путь.
Часть своей армии под командованием Кратера он послал обратно в Персеполь, через Боланский проход и Кандагар. С остатком войска Александр совершил один из самых жестоких и трудных маршей в военной истории — через горы и пустыни Гедросии. По дороге он дважды вступал в контакт с флотом Неарха. Хотя мы и не располагаем детальными сведениями, но можно утверждать, что административная подготовка этого марша — главный фактор в неизменных успехах Александра — была превосходной.
Вернувшись в Двуречье (в Месопотамию) в 325 году до нашей эры, Александр объявил Вавилон своей столицей. Мечтая о новых походах и завоеваниях, он строил флот и собирался на нем обогнуть Аравию, а затем завоевать страны Запада.