Вселенский Патриарх утвердил за Иоанном право на царский титул, позволивший русскому царю говорить на равных со всеми государями Европы. В 1563 году русские взяли важный стратегический пункт – город Полоцк, что открывало дорогу на Вильну – столицу Литовского княжества. Испуганный успехами русского оружия, крымский хан Девлет-Гирей счел за лучшее прекратить военные действия против России и в январе 1564 года присягнул на верность царю.
Иоанн трудился во славу Отечества, стремясь создать великую православную державу, но измена гнездилась среди ближайшего окружения, среди вельмож, самим своим происхождением предназначенных заботиться о благе государства. Царь страдал и с горечью писал: «Ждал я, кто бы поскорбел со мной, и не явилось никого; утешающих я не нашел – заплатили мне злом за добро, ненавистью за любовь».
В конце 1564 года, измученный бесконечными интригами, Иоанн сложил с себя царский венец и покинул столицу в сопровождении избранных по всему государству дворян, детей боярских и приказных людей. Остановившись в Александровской слободе, он прислал в Москву в январе 1565 года два письма, в которых сообщал, что не имеет гнева на простых подданных, но опалился на придворных и вельмож, которые злоумышляли на него и не желали, чтобы он царствовал. Посему царь отказывается от власти и поселится, «где Бог укажет». Народ с ужасом воспринял возможность лишиться законного государя и единодушно потребовал от бояр и митрополита вернуть Иоанна на трон, обещая, что сам «истребит лиходеев и изменников».
Грозному понадобился месяц, чтобы принять решение. Ранее уже говорилось о стремлении удельнокняжеской партии ограничить самодержавную власть в свою пользу. На практике оно означало претворение в жизнь анархических идеалов, гибельных для государства. Иоанн видел эту опасность и был вынужден принять ряд решительных мер для уничтожения политического и экономического значения удельных князей. В начале февраля 1565 года, вернувшись в Москву, царь вновь принял власть и объявил о создании опричнины.
Вопрос об опричнине – ее характер, задачи, цели, результаты – один из самых острых и «водораздельных» для исследователей вопросов, поставленных перед исторической наукой эпохой правления Ивана Грозного. А.И. Фурсов в своей работе «Вперед, к победам!» пишет: «С.М. Соловьёв, автор знаменитой «Истории государства российского», видел в опричнине форму борьбы государственного строя с боярским, который выходит если не антигосударственным, то негосударственным. В.О. Ключевский вообще не считал опричнину чем-то закономерным и целенаправленным, а видел в ней проявление страха царя, его паранойи. С.Ф. Платонов, ничтоже сумняшеся, квалифицировал опричнину как средство пресечения княжебоярского сепаратизма. Н.А. Рожков результаты опричнины усматривал в землевладельческом и политическом перевороте. М.Н. Покровский – вполне в духе своего подхода – трактовал опричнину как средство перехода от феодализма к торговому капитализму, и от вотчины – к прогрессивному мелкопоместному хозяйству Советские историки в своей массе рассматривали опричнину сквозь классовую (а часто – вульгарно-классовую капиталоцентричную) призму, трактуя самодержавие как классовый орган дворянства и подчёркивая его антибоярскую направленность, причём главной сферой борьбы объявлялась собственность, землевладение».
Фурсов как на основной результат опричнины указывает на преодоление в целом и основном еще «не стертых» к середине XVI века «многих дефектов-реликтов киевской, владимирской и ордынско-удельной эпох, которые пришлось «кусать» и «выметать» опричнине… Опричнина до конца «дотёрла» удельную систему, устранив даже её следы; окончательно «переварила» Новгород и в значительной степени поставила под контроль церковь».
В политическом смысле опричнина была тем, что сейчас называется чрезвычайным или военным положением. Царю предоставлялось право без совета и приговора Боярской думы судить и казнить бояр, реквизировать их имущество, отправлять в ссылку и даже казнить. Освященный собор вкупе с Боярской думой утвердил эти особые полномочия.
Но ряд известных историков полагает, что опричнина была утверждена еще и Земским собором 1564–1565 гг. Как указывает в своей работе «Земские соборы Русского государства в XVI–XVII вв.» академик Л.В. Черепнин, такого мнения придерживаются Н.И. Костомаров, А.А. Зимин, С.О. Шмидт, Р.Г. Скрынников.