Эти восстания крестьян в Иране и рабов на юге Ирака, видимо, не оставили неизгладимого следа в истории ислама и не привели к радикальным переменам в структуре исламского общества. Они оставили за собой лишь глухой ропот и протест, которые находили выражение в периодически возникающих безуспешных народных движениях. Однако растущее недовольство простых людей империи выразилось в другом течении, гораздо более значительном и имевшем гораздо более далекоидущие последствия. Это было движение исмаилитов шиитской ветви ислама. Шиизм еще в начале своего существования превратился из арабской партии в мусульманскую секту и добился первого оглушительного успеха в воцарении Аббасидов. Эта победа положила конец значению претендентов-шиитов, потомков Мухаммада ибн аль-Ханафии. До той поры притязания Алидов были основаны на происхождении от Али, родственника пророка, а не от Фатимы, его дочери, так как, согласно понятиям того времени, родство с пророком по мужской линии было важнее, чем происхождение от него по женской. Но после того как их сородичи Аббасиды присвоили притязания Алидов, претенденты-шииты основывали свои претензии на прямом происхождении от пророка через его дочь Фатиму. Имамы, как их называли последователи, в их глазах единственные имели полные права на титул халифа. Но власть, на которую они притязали, была намного больше, чем власть Аббасидов. Шиитский имам был боговдохновенным религиозным понтификом, претендуя на непогрешимость и требуя беспрекословного подчинения.
После смерти имама Джафара в 765 году его последователи разделились на две группы, поддержавшие претензии его сыновей Мусы и Исмаила. Последователи первого признавали потомков Мусы до двенадцатого имама после Али. Он исчез при невыясненных обстоятельствах, и его возвращения ждут так называемые шииты-двунадесятники и по сей день. Шииты-двунадесятники в целом придерживались умеренного учения, не особенно отличавшегося от учения суннитов. Французский ученый Луи Массиньон назвал их скорее удачно, чем точно, «официальной оппозицией его величества» по отношению к аббасидским халифам.
Совсем другой была эволюция исмаилитов, которые унаследовали радикальную и насильственную политику прежнего движения. VIII и начало IX века можно назвать периодом инкубации, когда Исмаил, его сын Мухаммад и несколько преданных соратников создали структуру секты и ее идеи, распространяемые посредством пропаганды. Ее учение заметно отличалось от ортодоксального ислама и включало в себя многие идеи неоплатонизма и индийских мыслителей. Они появились благодаря доктрине тайного толкования, согласно которой каждый стих Корана имеет два значения, одно явное и буквальное, другое эзотерическое и известное только посвященным. Тайные доктрины секты, как сообщают некоторые источники, распространялись через своего рода масонскую иерархию степеней посвящения, на высшей из которых обращенному раскрывали учение во всей его полноте. Эта тайная организация помогла секте выжить и расцвести, вопреки бдительному надзору аббасидской полиции. Номинальным главой секты был имам, непогрешимый духовный вождь, потомок Али по линии Исмаила. В определенных обстоятельствах имам мог делегировать свои полномочия другому человеку через некую духовную аффилиацию. Тогда этот человек становился доверенным лицом или представителем имама, наделенным многими, если не всеми, полномочиями своего владыки.
В начале X века общественный кризис в империи почти достиг переломного момента. Разгромленные крестьяне и рабы по-прежнему таили свои обиды, а растущая концентрация капитала и труда создала многочисленный и неудовлетворенный городской пролетариат. В 920–921 годах финансовые операции визиря привели к хлебным бунтам в столице и отозвались беспорядками по всей империи. Отношение некоторых недовольных к ортодоксальной религии прекрасно видно в стихах поэта того периода: