Для разработки системы, в обстановке глубочайшей секретности в составе Министерства вооружений СССР была создана головная организация - мощное Конструкторское бюро № 1 (КБ-1). Его начальником был назначен заместитель министра вооружений К.М. Герасимов. Главными конструкторами разрабатываемой системы ПВО были назначены известный специалист в области радиотехники П.Н. Куксенко и окончивший в 1947 году Военную академию связи С.Л. Берия. Заместителем главного конструктора "Беркута" был назначен А.А. Расплетин, которого перевели в КБ-1 из ЦНИИ-108 (головного радиолокационного научно-исследовательского института, которым в то время руководил член-корреспондент АН СССР А.И. Берг). В этом институте А.А. Расплетин возглавлял лабораторию по разработке радиолокационных систем. За создание в ЦНИИ-108 радиолокатора разведки наземных целей А.А. Расплетин в числе группы сотрудников этого института был удостоен звания лауреата Сталинской премии (в 1951 году). А.А.Расплетин разработал свой подход к построению радиолокатора наведения зенитных управляемых ракет на воздушные цели, определивший технический облик ЗРК С-25. А.А. Расплетин (впоследствии Герой Социалистического труда, академик АН СССР) являлся лидером разработки первой отечественной системы зенитного управляемого оружия.
Конструкторскому бюро №1 были отведены помещения НИИ-20 министерства вооружений СССР, которые размещались в Москве на развилке Ленинградского и Волоколамского шоссе недалеко от станции метро "Сокол". (НИИ-20 был переведён в Кунцево). В то время на территории НИИ-20 было также размещено специальное конструкторское бюро (СБ-1). Это конструкторское бюро было образовано в министерстве вооружений СССР в сентябре 1947 года для разработки системы управляемого оружия "воздух - море" (начальник и главный конструктор - П.Н. Куксенко, бывший преподаватель Ленинградской военной академии связи и руководитель дипломного проекта С.Л. Берии, который был назначен заместителем начальника СБ-1). Это конструкторское бюро было полностью включено во вновь образованное КБ-1 (впоследствии дата образования СБ-1 - 8 сентября 1947 года - была принята за официальный день основания КБ-1 и его преемников - ЦКБ "Стрела" и ЦКБ "Алмаз"), В сентябре 1950 года постановлением Правительства СССР был назначен разработчик зенитной ракеты - ОКБ-301 - известное самолётное конструкторское бюро, возглавляемое С.А. Лавочкиным.