Тем временем на флагмане испанцев "Сан-Мартин" состоялся военный совет. Медина-Сидония, Флорес де Вальдес, Рекальде и Окендо догадывались, что английские корабли сделают ставку на артиллерийский бой. При этом Вальдес предлагал воспользоваться оплошностью лорда Говарда, разделившего свои силы между несколькими портами, атаковать английские корабли в гавани Плимута и уничтожить отряд Дрейка. Этот вполне разумный совет был отклонен, поскольку Медина-Сидония имел четкие инструкции не ввязываться в бои местного значения и как можно быстрее идти к фламандским берегам. После бурного обсуждения было решено не атаковать плимутскую эскадру. В свою очередь, Дрейк вышел из Плимута и 31 июля попробовал атаковать этот "гуситский табор", однако атака эта была нерешительной, стрельбу корсар вел с дальней дистанции и особого вреда испанцам нанести не смог.
1 августа флагманский "Ривендж" Дрейка,[* Самое смешное в том, что в ночь на 1 августа лорд Говард, признавая гораздо больший опыт Дрейка в морских делах, отдал приказ сэру Фрэнсису принять на себя функции флагмана флота. Однако Дрейк не только не сообщил о его получении, но и погасил сигнальный фонарь на "Ривендже", легкомысленно уйдя на поиски отставших испанских кораблей. В результате, Говард, разыскивавший ночью Дрейка, принял сигнальный огонь испанского корабля за огонь "Ривенджа", и ночью с кораблями "Арк Ройал", "Уайт Бир" и "Мэри Роуз" влез прямо в середину испанского флота. Лишь по чистой случайности Говард не попал в плен испанцам.] а также "Уайт Бир" и "Мэри Роуз" обнаружили отбившийся от главных сил во время боя 31 июля 1150-тонный 46-пушечный "Нуэстра Сеньора дель Розарио" под командованием дона Педро Вальдеса, флагмана Андалузской Армады. Дело в том, что корабль Педро Вальдеса столкнулся с 882-тоным "Санта-Каталина", сломал себе бушприт и повредил фок-мачту. Сэр Фрэнсис послал парламентера на борт испанца, который спросил, будут ли доны драться или просто сдадутся. Вальдес решил капитулировать. На борту "Нуэстра Сеньора дель Розарио" англичане обнаружили 55 тысяч дукатов (жалование ветеранам Фарнезе), что впоследствии привело к крупному скандалу между корсарскими адмиралами. Мартин Фробишер в сердцах заявил: "Он [Дрейк] как трус вертелся всю ночь близ испанца, дабы взять добычу. Думал нас обмануть, чтобы мы не получили свою долю в пятнадцать тысяч дукатов, но мы ее получим или, клянусь Богом, мы пустим ему кровь". Но главное, на "Нуэстра Сеньора дель Розарио" англичане смогли захватить 132 бочки мелкозернистого пороха — ровно треть запасов английского флота, который эскадра Дрейка порядком истратила в бою 31 июля.
Второй подранок, которого смогли захватить корабли Плимутской эскадры — 958-тонный 25-пушечный "Сан-Сальватор", у которого в бою 31 июля взорвалась часть пороховых зарядов. Корабль был небоеспособен, поэтому его решено было бросить, и утром 1 августа он легко сдался англичанам. Третьей и последней жертвой оказался 500-тонный 16-пушечный гамбургский галеон "Фалькон Бланко Майор" из Немецкой Армады. Этот корабль отбился от главных сил и 1 августа был взят на абордаж.
Оценивая итоги боя у Плимута можно сказать только одно: Дрейк проиграл его стратегически. Да, он захватил три испанских корабля, но теперь испанцы были впереди него, тогда как он плелся позади них, и если бы Медина-Сидония решил высадить те войска, которые были на кораблях, помешать этому десанту Дрейк просто не смог бы.
После боя Сидония приказал совершить перестроение, и теперь Армада шла клином. Авангард составляли Кастильская и Португальская армады Сидонии и Диего Вальдеса, имея впереди галеасы. За ними следовали пинасы и мобилизованные суда. Левый фланг арьергарда под общим командованием Рекальде прикрывали Андалузская и Бискайская Армады; правый фланг (флаг Алонсо де Лейвы) составляли Гипускоанская и Левантийская Армады Окендо и Брентендона.