Неожиданно в конце сентября 1943 года Леопольд был назначен командиром U-1059 вместо внезапно заболевшего обер-лейтенанта Герберта Брюнингхауза, командовавшего этой лодкой ранее с момента ее ввода в строй в мае 1943 года. В это время U-1059 находилась на Балтике, где проводила тренировочные занятия, в том числе и учебные стрельбы. Леопольд принял участие во втором туре этих стрельб и показал феноменальный результат, добившись из 58 учебных пусков торпед 57 попаданий, из них более 40 в центральную часть судна-мишени. Офицеры-преподаватели поздравили его, заявив при этом, что вряд ли смогли бы отстреляться лучше. Леопольд с удовольствием вспоминал эту, наверное, самую приятную для себя страницу своей жизни.
Затем подлодка вышла из Балтийского моря и прибыла 18 декабря 1943 года в Киль, где на нее была установлена 37-мм автоматическая пушка. 25 января 1944 года U-1059 стала принимать груз торпед и оборудования для доставки в Пенанг. Что было с ней дальше, уже известно.
Все спасенные подводники с U-1059 были доставлены в США в лагерь для немецких военнопленных. Дальнейшая судьба ее командира Гюнтера Леопольда неизвестна. Но можно с уверенностью сказать одно: ему повезло, что он вовремя покинул U-355, на которой служил первым вахтенным — эта лодка не вернулась из своего очередного похода, пропав без вести в апреле 1944 году в бескрайних арктических просторах.
Пару интересных моментов, связанных с гибелью U-1059, приводит в своей книге Клэй Блэйр. Первый из них связан с уже упоминавшимся циркуляром, который разослало всем британское Адмиралтейство, требуя отказаться от атак на немецкие подводные лодки во время их дозаправки:
Второй — о весьма неожиданном признании Леопольда, сделанным им во время допроса: