В декабре 1943 г. на авиабазе Татэяма сформировали 901-й кокутай. Часть, располагавшая по штату 12 летающими лодками, поступила в подчинение Командованию морских эскортных сил, отвечающему за безопасность судоходства в Японском, Восточно-Китайском и Южно-Китайском морях. Летающие лодки 901-го кокутая осуществляли противолодочное охранение конвоев на коммуникациях, связывавших Японию с Кореей, Китаем, Индокитаем и Голландской Ост-Индией. Для базирования они использовали гидроаэродромы в Омура (о. Кюсю), на Формозе, материковом Китае, Пескадорских о-вах, Сайпане, Иводзиме, Филиппинах. 1 марта 1944 г. штат 901- го кокутая увеличили до 32 самолетов, но Н8К среди них было лишь несколько единиц. С января 1945 г. 901-й кокутай подчинялся командующему 1-го эскортного флота. Два месяца спустя из-за потерь штатный состав кокутая пришлось уменьшить всего до 12 гидросамолетов.
Противолодочным патрулированием занимался и 951-й кокутай, сформированный 15 декабря 1944 г. на базе кокутаев «Сасэбо», «Тинкай», 256-го и 453-го. Часть административно подчинялась военно-морскому району Сасэбо, а оперативно — Командованию морских эскортных сил. 951-й кокутай располагал различными типами самолетов, включая и несколько Н8К. Сферой ответственности части являлись, в основном, воды вокруг о. Кюсю, но порой её самолеты действовали и над более отдаленными акваториями. В таких случаях «Эмили» 951-го кокутая использовали базы на о. Чеджудо и в Шанхае.
Транспортные гидропланы H8K2-L служили, прежде всего, в 1021-м и 1081-м кокутаях. Первый из них был сформирован в январе 1944 г. в Катори, а его летающие лодки в различные периоды войны базировались на островах Пелелиу (архипелаг Палау), Яп (Каролинские о-ва), а также в Давао и Кларк на Филиппинах. В середине июля 1945 г. 1021-й кокутай расформировали, влив его остатки в 1081-й кокутай. Последняя часть была сформирована в апреле 1944 г. в Ацуги и подчинена военно-морскому району Йокосука. С баз в Ацуги и Михо её гидросамолеты работали на линиях, связывавших метрополию с островами Тихого океана. Несколько H8K2-L и переоборудованных в транспортные прототипов Н8К1 имелось в составе «Йокосука Тиндзифу Хикокитай» — «Отдельной эскадрильи военно-морского района Йокосука» (не путать с кокутаем «Йокосука»). Эта часть обеспечивала перевозки высокопоставленных офицеров Императорского флота.
Встречались гидросамолеты Н8К и в ряде других частей авиации Императорского флота. Среди них отметим кокутай «Йокосука» — учебно-испытательную часть, в которой пилоты и штурманы Н8К проходили курс повышенной подготовки.
Небольшой объем выпуска и значительные потери, понесенные в 1944-1945 гг., привели к тому, что войну пережили лишь считанные единицы поврежденных либо неисправных Н8К. Три из них были обнаружены американцами в Такуме (о. Сикоку). Находившийся в наилучшем состоянии экземпляр Н8К2 (серийный номер 426) был выбран для перевозки и дальнейшего изучения в США. Машина ранее входила в состав кокутая «Такума» и несла на киле обозначение Т-31. Этот экземпляр относился к ранним серийным Н8К2. Он был выпущен в апреле или мае 1943 г. и имел за собой достаточно долгую и насыщенную событиями службу. Поначалу летающая лодка попала в 802-й кокутай, получив код N1-26. Когда в апреле 1944 г. личный состав и техника этой части влились в 801-й кокутай, код самолета поменялся на 801-26. А в апреле 1945 г. вместе со всей эскадрильей летающих лодок 801-го кокутая его передали в кокутай «Такума».
Американцы, прежде всего, демонтировали с трофея все вооружения. Затем машину отремонтировали с привлечением японских специалистов из военно-морского арсенала Курэ. 13 ноября 1945 г. Н8К2 перегнали по воздуху в Йокогаму. В последнем полете над Японией «Эмили» пилотировал капитан 3-го ранга Цунео Нитицудзи — бывший командир эскадрильи гидросамолетов кокутая «Такума». 10 декабря машину погрузили на американскую плавбазу гидроавиации «Камберленд Саунд» (AV-17) и затем перевезли в США, на базу Уидби Айленд (шт. Вашингтон). Несколько недель спустя «Эмили» погрузили на другое судно, в феврале 1946 г. доставившее её на военно-морскую авиабазу Норфолк (шт. Виргиния). Здесь гидросамолет подвергли основательному изучению, демонтировав часть оригинального оборудования, в т.ч. радиостанцию и радар.