В Западной Персии и Ираке Беркьярук даже не делал попыток нападать на центры власти исмаилитов. Вместо этого он пытался унять гнев своих чиновников и населения, разрешая или поощряя массовые убийства сочувствующих исмаилитам в Исфахане. Солдаты и горожане сообща охотились на подозреваемых, которых они окружали, собирали на большой площади и убивали. Простого обвинения было достаточно, и много невинных людей, по словам Ибн аль-Асира, погибли тогда из личной мести. Из Исфахана антиисмаилитские акции переместились в Ирак, где исмаилитов перебили в их лагере в Багдаде, а их книги были сожжены. Ранее один выдающийся исмаилит Абу Ибрахим Асадабади был послан в Багдад самим султаном с официальной миссией. Теперь султан отправил приказ о его аресте. Когда тюремщики пришли убивать его, Асадабади сказал: «Хорошо, вы убьете меня, но сможете ли вы убить тех, кто находится в замках?»
Насмешка Асадабади была к месту. До этого исмаилиты потерпели неудачу; теперь они не могли больше рассчитывать на молчаливое согласие Беркьярука, и в течение некоторого времени фидаи были сравнительно пассивны, но их замки оставались в целости и сохранности, а власть террора, ими насажденная, хоть и была ограниченной, вовсе не закончилась. Между 1101 и 1103 годами в списке убитых значатся: муфтий Исфахана, который встретил свою смерть в старой мечети этого города; префект Бейхака и предводитель карра-митов – воинственного антиисмаилитского религиозного ордена в мечети Нишапура. Убивать офицеров-сельджуков и их чиновников в то время стало слишком трудно, но по-прежнему стояла задача наказывать тех гражданских и религиозных деятелей, которые осмелились противостоять исмаилитам. Именно в эти годы правитель Аламута предпринял еще один важный шаг – отправил миссионеров в Сирию.
Сельджукской империи удавалось сдерживать угрозу со стороны исмаилитов, но не получилось покончить с ней окончательно. После смерти Беркьярука в 1105 году его преемник Мухаммед Тапар сделал еще одну решительную попытку одолеть их. «Когда власть в султанате прочно оказалась в руках Мухаммеда, и не осталось ни одного соперника, который мог бы оспорить ее, у него не было никакой более насущной задачи, чем разыскивать и бороться с исмаилитами и мстить мусульманам за их притеснения и злодеяния. Он решил начать с замка Исфахан, находившегося в руках исмаилитов, так как он причинял много хлопот и возвышался над его столицей. Поэтому лично повел свою армию на исмаилитов и осадил замок 6-го числа месяца Шабана 500 года [2 апреля 1107 г.]».
Осада и завоевание замка затянулись из-за разных уловок и маневров, к которым прибегали исмаилиты и их друзья. В самом начале выступление войска было отложено на пять недель из-за ложных слухов о возникших в других местах опасностях, которые распространяли сочувствующие исмаилитам в лагере султана. Когда местный вождь исмаилитов Ахмад ибн Атташ оказался в тяжелом положении, он получил передышку, затеяв религиозную полемику. В послании султану исмаилиты утверждали, что они добрые мусульмане, верящие в Бога и Пророка, соблюдающие Священный закон; они расходятся с суннитами только в вопросе об имамате, и поэтому султан должен заключить с ними перемирие, выдвинуть свои условия и принять их преданность. Это положило начало религиозной полемике между нападавшими и защитниками замка и между различными направлениями мысли в лагере нападавших. Многие богословы, советники султана, были готовы принять доводы исмаилитов, но некоторые из них твердо настаивали на более строгом отношении. «Пусть они ответят на такой вопрос, – сказал один из них, – если бы имам позволил вам то, что запрещает Священный закон, и запретил то, что Священный закон разрешает, вы повиновались бы ему? Если они ответят „да“, их кровь законна». Благодаря настойчивости этих ригористов полемика ни к чему не привела, и осада продолжилась.
Теперь исмаилиты попытались действовать иначе и предложили пойти на компромисс, согласно которому им отдали бы другую крепость в этих окрестностях «для защиты своей жизни и имущества от толпы». Переговоры затянулись, а в это время визирь султана приказал, чтобы в крепость были отправлены запасы продовольствия. Этот этап закончился, когда ассасин-исмаилит ранил, но не убил одного из эмиров султана, который был особенно ярым их противником. Тогда султан усилил осаду, и у защитников замка теперь была одна надежда – на договорную капитуляцию.