Неподвижные корабли в гавани Кронштадта, не смотря на сильное зенитное прикрытие, не могли отразить удар групп в 30-40 Ju-87 из I и III/ StG2. 16 сентября 500-кг бомба SD500 попала в линкор "Октябрьская революция", через три дня аналогичное попадание получил линкор "Марат". 21 сентября 1941 г. "штуки" из 7./StG2 во главе с гауптманом Э.Купфером вновь атаковали корабли Балтфлота в Кронштадте. Бомба, сброшенная Купфером, попала в эсминец ("Гордый" или "Грозящий"), в тот же день X. У.Рудель точным попаданием бомбы SD500 потопил эсминец "Стерегущий" 23 сентября Рудель угодил 1000-кг бронебойной бомбой PC1000RS в носовую часть линкора "Марат", вызвав детонацию боезапаса главного калибра носовой части. Линкор разорвало надвое, носовая часть затонула, но впоследствии моряки сумели оживить две кормовые башни главного калибра, которые в октябре вели огонь по немецким батареям. Другими попаданиями летчики уничтожили лидер "Минск", подводную лодку М-74, сторожевик "Вихрь", тральщик № 31. В этих налетах "штука" Купфера трижды была серьезно повреждена, и трижды он совершал вынужденую посадку в расположении своих войск, в последний раз получив серьезные травмы.
Эскадра StGl весь 1941 г. действовала на центральном направлении, участвуя в Московской битве. В конце сентября им в помощь на аэродром Велиж в Смоленской области перебросили из под Ленинграда I./StG2. 30 сентября началась операция "Тайфун" - наступление немецких войск на Москву. В первый же день наступления 2-я танковая группа генерал-полковника Г.Гу-дериана прорвала левый фланг Брянского фронта и вышла в тыл 13-й советской армии. В октябре Ju-87 из I./ StG2 активно атаковали советские части в районе Смоленск - Вязьма - Калинин. В течение 4 октября Ju-87 совершили 152 боевых вылета, атакуя войска в районе Белый - Сычевка -Вязьма. Эскадра StG2 потеряла три самолета, отражая контрудар группы генерала Болдина. Затем Ju-87 совершили еще 202 боевых вылета в районе Брянск - Спас-Деменск, уничтожив 22 танка, в том числе 4 тяжелых КВ-1, около 450* автомобилей и 3 хранилища топлива.34 К 7 октября, когда в районе Брянск - Вязьма в огромном "котле" оказались окружены несколько армий Западного и Резервного фронтов, Ju-87B из StG2 группами по 25-30 самолетов беспрерывно атаковали окруженные войска, не давая им возможности организовать прорыв. В течение только одного дня (7-го) они уничтожили около 20 танков, 34 артиллерийских орудия и около 650* автомобилей, а 13 октября в районе Вязьмы -еще 23 танка.34
В ходе наступления на Москву все увеличивалась мощь сопротивления советских войск. Сильное истребительное прикрытие ПВО Москвы не позволило в полной мере проявить "штукам" свои "пиратские" наклонности. Их участие на главном направлении было ограниченным, хотя осенью в районе Смоленска и Рославля базировались I. и III./StG2, П. и III./StGl, к ним позже присоединилась и StG77 подполковника фон Шенборна.
В декабре 1941 г. зенитная артиллерия Западного фронта вместе с зенитчиками ПВО Москвы сбила 64 немецких самолета, из них 12 Ju-87. По немецким данным (с особой системой зачета, по которой вынужденная посадка на своей территории боевой потерей не считалась, даже несмотря на списание машины) эскадра StG2 с 22 июня по 12 октября потеряла всего 22 машины (около 25% двух воюющих групп). На 27 сентября потерянными числились 146 "штук". По немецким данным, до конца 1941 т. всего потеряли 394 Ju-87, из них 281 - безвозвратно. Для сравнения, за период 1 июля 1940 г. - 22 июня 1941 г. потери "штук" во всех Европейских кампаниях составили 477 машин, в том числе 283 ремонту не подлежало.
В СССР на необорудованных полевых аэродромах громоздким, неповоротливым Ju-87 приходилось труднее, чем самолетам других типов. В то же время "штуки" в воздухе и на земле показали себя достаточно неприхотливыми машинами, их техническое обслуживание было достаточно простым и нетрудоемким, что делало эту боевую машину популярной среди летчиков и техников. Например, замену двигателя можно было произвести, лишь развинтив болты, поскольку вся моторная секция была съемной.
Один из балтийских линкоров под бомбами "лаптежников"