Конструкторы попытались парировать этот эффект установкой в хвостовой части фюзеляжа дополнительных гребней, но безрезультатно. Еще одним направлением работ стало утолщение профиля вертикального оперения при одновременном уменьшении его площади (Me 262 V056). Это дало определенные результаты при полете на больших скоростях, но резко ухудшило устойчивость и управляемость на взлетно-посадочных режимах. Кроме того, малая площадь вертикального оперения не давала пилоту возможность осуществлять полет на одном двигателе. Эту проблему пытались решить, изучая поведение самолета с дестабилизирующими поверхностями – на один из самолетов поставили гребень, идущий от фонаря до хвоста, что уменьшало статическую устойчивость, но вскоре эту работу забросили.
Одной из проблем, с которой столкнулись как рядовые пилоты, так и летчики-испытатели – стало самопроизвольное затягивание самолета в пикирование на больших скоростях полета. При этом летчикам казалось, что нос самолета какбы "наливается свинцом", а руль высоты становится неэффективным. По этой причине произошло немало катастроф. Только после войны удалось выяснить, что это связано с перераспределением давления по профилю крыла и стабилизатора.
На современных самолетах для предотвращения этого эффекта используются системы автоматического управления, цельноповоротное горизонтальное оперение с приводом от гидросистемы и даже перекачка топлива из носовых баков в хвостовые. Немецкие же конструкторы были одними из первых, кто столкнулся с этим явлением. Естественно, в то время они не обладали достаточными знаниями. Тем не менее следует отдать им должное, ибо именно они, решая проблему повышения скорости полета, пришли к идее стреловидного крыла.
На Me 262А-1 испытывались различные варианты вооружения вместо стандартных четырех 30-мм пушек МК 108 (они обладали плохой баллистикой, а при первом же "удобном" случае отказывали). Me 262A-1a/Ul получил вооружение из двух 20-мм пушек MG 151 со 146 снарядами на ствол и двух 30-мм МК 103 с 72 снарядами на ствол. МК 103 отличались от МК 108 более длинными стволами, дульным тормозом и более мощным, с высокой начальной скоростью снарядом. При этом на носу фюзеляжа, над пушками появились обтекатели. Комбинация их трех различных типов пушек не была принята в серию, и ограничились выпуском только трех таких Me 262A-1a/Ul.
Более интересной была установка 50-мм пушки ВК 5, впервые испытанной на Me 262А-1а (№ 130 083). При этом пушка выступала на 2 м перед носом самолета. Установка ВК 5 привела к смещению центра тяжести, что заставило разместить в хвосте противовес. Носовую стойку переделали под уборку с поворотом, чтобы она занимала меньше внутреннего объема. Несколько неожиданно, но установка практически не сказалась на летных данных, зато 26-27 из 30 снарядов при опытных стрельбах укладывались в прямоугольную цель шириной 30 м – размах крыла четырехмоторного бомбардировщика.
Еще два Me 262А-1а с пушкой ВК 5 использовались для испытаний по стрельбе по наземным целям. Рассматривался вопрос и об установке 55-мм пушки МК 114, но остановились на 50- мм пушке МК 214А фирмы "Рейнме- талл-Борзиг". Ее испытания на одном Me 262А-1а начались 23 марта 1945 г, но их так и не завершили до окончания войны. Окончание войны также прервало испытание револьверной пушки "Маузер" MG 213 на другом Me 262А-1а.
Еще более эффективным оружием оказались ракеты R4M, спроектированные Куртом Хебером и доведенные ДВМ (Немецким институтом вооружения и аммуниции) в Любеке. 55-мм ракета R4M (Ракета, 4-килограммовая) содержала 500-г заряд гексогена, имевший хороший разрушительный эффект. Баллистика у R4M была практически как у снаряда пушки МК 108, что позволяло использовать тот же прицел "Реви"-16В. Простейшие деревянные направляющие позволяли нести по 12 R4M под каждым крылом. Истребитель с ракетами назывался Me 262A-lb. Все 24 ракеты выпускались почти одновременно, обеспечивая высокую вероятность поражения четырехмоторного бомбардировщика с дистанции около 500 м. На одном из Me 262A-1b испытывались держатели для 34 ракет, а планировалось даже 48.
На Me 262 предполагалось также испытать управляемые ракеты Х4 фирмы "Руршталь" весом 60 кг и длиной 1,8 м. Ракета управлялась по двум проводам и имела ударный и акустический взрыватели. Дальность пуска оценивалась в 300 м. Четыре ракеты Х4 монтировались под крылом Me 262, но успели выполнить полеты только с макетами. Реальных испытаний так и не провели. В варианте перехватчика на самолете испытывалась и 110-кг ракета RI00/BS с боеголовкой, имевшей 400 пуль шрапнели. Проводились аэродинамические испытания пусковых для вертикально-стартующих ракет RZ 73.