Прямым развитием самолета "98" стал дальний барражирующий истребитель-перехватчик ракетоносец Ту-128 (самолет "128"), имевший первоначальное официальное обозначение Ту-28. Еще в ходе заводских испытаний самолетом "98" заинтересовался Командующий авиацией ПВО маршал Е.Я.Савицкий. Ознакомившись с ним поближе, он приехал к А.Н.Туполеву с предложением создать авиации ПВО самолет конструктивно близкий к "98-ой" машине, но с совершенно другим назначением. ПВО срочно нужен был дальний истребитель-перехватчик, вооруженный тяжелыми ракетами класса "воздух-воздух" и оборудованный мощной бортовой радиолокационной станцией системы обнаружения воздушных целей и наведения на них бортовых ракет. В разговоре с Е.Я.Савицким Туполев уточнил ряд специфических вопросов, после чего поручил Начальнику отдела Технических проектов С.М.Егеру разработать эту тему более детально, приняв за основу "98-ой" проект и проработки по его модификациям. Разговор этот состоялся в июне 1957 года и в течении почти года до выхода Постановления в отделе Тех- проектов рассматривались различные варианты переделки сверхзвукового бомбардировщика в перехватчик. Первоначально за базовый проект был взят Ту-24 ("98А"). Была перекомпонована передняя часть фюзеляжа: в носовой части вместо штурманской кабины установили под радиопрозрачным обтекателем радиолокационную станцию К-24 с дальностью обнаружения цели 50 км, захвата и сопровождения цели 35-40 км и дальностью пуска ракет 20 км. Под консолями крыла на пилонах на пусковых установках подвешивались четыре ракеты типа К-24 с радиолокационной полуактивной системой наведения. Кабина экипажа была полностью переделана под две кабины: летчика и оператора. Силовая установка рассматривалась на базе двигателей АЛ-7Ф-1 ,а затем АЛ-7Ф-2. В дальнейшем проект был переработан под крыло большей площади (по конфигурации повторявшее крыло "98Б", но с шассийными обтекателями) и РЛС "Смерч" с ракетами К-80 (Р-4).
После прекращения активных работ по опытному самолету "98", его решили в июле 1958 года списать (Акт на списание должен был быть готов к 15.10.58 г) и сдать на металлолом.
Официальное начало работ по самолету "128" несколько продлило его жизнь, но уже в качестве летающей лаборатории для отработки системы вооружения нового перехватчика. Постановление СМ СССР № 608-293 на разработку комплекса Ту-28-80 вышло 4 июля 1958 года, а вслед за ним последовали Постановление № 1013-482 от 28.08.58 г и Приказ ГКАТ № 385 от 20.09.58 г, в которых определялись порядок работ по разработке и серийному производству нового комплекса перехвата и где ставилась задача по созданию летающей лаборатории на базе "98-ой" машины:
"…Создать на базе опытного Ту-98 экспериментальный самолет лабораторию для отработки в полете системы управления реактивным оружием, начав его летные испытания в первом полугодии 1959 г. Работы по Ту-98 прекратить.
Тихомирову ОКБ-15 поставить ОКБ-156 для летающей лаборатории в 4-м квартале 1958 г один макет действующей аппаратуры наведения на базе Ураган – 5 Б и 1 экземпляр Ураган-5Б-80 ("Смерч") для установки на Ту-28 в 3-м квартале 1959 г и один экземпляр для проведения госиспытаний в 4-м квартале 1959 года.
ОКБ-4 Бисновата дать в 1-м квартале 1960 г ракеты К-80…"