В результате, уже в апреле 1947 г., сразу же после успешной защиты на еще некомпетентном в новой отрасли техники Ученом совете в НИИ-88 первого (достаточно сырого) эскизного проекта Р-2, было принято на правительственном уровне решение о развертывании работ по новой ракете Р-3 со стартовой массой 70 т и дальностью полета 3000 км при массе головной части 3 т. Эти работы ускорились с появлением второго варианта проекта Р-2 (с отделяемой головной частью). Баллистические параметры ракеты Р-3 выбирали В.П.Мишин и С.С.Лавров так, "чтобы полностью исчерпать (по указанию Королева) возможности одноступенчатых ракет и чтобы она могла служить в дальнейшем звеном одной из более сложных составных схем", то есть звеном межконтинентальной ракеты. Компоновалась эта машина К.Д.Бушуевым и С.С.Крюковым с трудом, поскольку ограничения на габариты условиями транспортирования по железной дороге оказались для нее весьма жесткими, так как при диаметре корпуса ракеты 2,8 м главный конструктор системы управления Н.А.Пилюгин настаивал на том, чтобы аэродинамические характеристики Р-3 были такими, как у Р-1. Он требовал оснастить ее огромными крыльями стабилизатора, возможность установки которых на стартовой позиции исключалась военными.
Сила Королева, которую невольно ощущали все, кто контактировал с ним, состояла в том, что он не боялся никаких трудностей . Последние только активизировали его деятельность. Интуиция убеждала его, что можно с помощью автомата стабилизации системы управления обеспечить устойчивость движения ракеты даже при расположении центра давления аэродинамических сил впереди центра масс. А следовательно, обойтись без стабилизаторов. Однако осторожный, рассудительный и неторопливый Пилюгин не хотел рисковать, ссылаясь на отсутствие соответствующих теоретических исследований. Королев обратился за помощью к ученым своего родного НИИ-88, затем – в ЦАГИ и МГУ. Все они дружно разводили руками. Боялись брать на себя ответственность за столь радикальное изменение компоновки. Об этом Королев сообщил министру вооружения Д.Ф. Устинову. Тот быстро организовал в просторных кабинетах ЦК ВКП (б) встречу представителей СКБ НИИ-88 с руководителями институтов Академии наук с целью налаживания рабочих контактов.
В течение недели мы рассказывали им, что нам нужно. Но они, услышав наши сроки, вежливо под различными предлогами уклонялись от таких контактов. Слишком смелым казался им грандиозный проект Королева. Но их консерватизм не остановил его, и он продолжал упорно давить на Пилюгина. И дожал обещанием разработать для него летающую модель ракеты Р-3 в габаритах ракеты Р-2. Иначе говоря, создать для экспериментального исследования проблемы еще одну ракету Р- ЗА, которая могла служить ему страховым полисом от путешествия на Колыму. Глушко согласился поставить для нее двигатель тягой 40 тс. И отдел незамедлительно приступил к ее компоновке.
С моей подачи Сергей Павлович попросил начальника отдела прочности института В.М.Панферова и начальника отдела аэродинамики Х.А.Рахматулина приступить к сочинению норм прочности для Р-3 и Р-ЗА, хотя бы временного характера. К удивлению, они категорически отказались принимать участие даже в определении внешних нагрузок, действующих на ракеты на всех этапах их эксплуатации. Мы полагали, что научные отделы института должны работать на конструкторов своего СКБ и формулировать свою тематику с учетом их потребностей, а не творческих устремлений сотрудников, думающих прежде всего о диссертациях.
Королев аппелировал к министру: "Я должен заявить, что вопросы прочности настолько сложны и мы так мало имеем опыта, что обязаны подойти к решению этих вопросов с чрезвычайной осторожностью. Прочность машины будет для нас самой трудной задачей".
И Устинов включил в годовой план НИИ-88 выпуск указанных норм, несмотря на возражение заместителя его директора по научной части А.А. Ильюшина. Такие действия начальника отдела СКБ очень не понравились руководству института, делавшего ставку в основном на освоение производства зенитных ракет "Вассерфаль" и "Шметерлинг", к которым проявлял интерес Л.П. Берия. Директор Л.Р. Гонор стал упрекать Королева в стремлении подчинить себе научные отделы и в игнорировании своего непосредственного начальника СКБ, хотя знал, что тот решал спорные технические вопросы простым голосованием! На заводе изготовление нужных Королеву экспериментальных установок начали осуществлять во вторую очередь. Участились нападки на него начальников других отделов. Обремененные учеными степенями и званиями они открыто посмеивались над его осоавиахимовским прошлым.