Истребитель-бомбардировщик имел хорошо зарекомендовавшее себя крыло с отклоняющимся носком и включал ряд новшеств конструкции, соответствовавших накопленным в производстве изменениям по сериям МиГ-23. В первую очередь, это относилось к узлам из высокопрочной стали ВНС-2, технологии обработки и сварки которых нуждались в совершенствовании. Дорабатывалась конструкция центрального бака-отсека №2, как наиболее нагруженного и ответственного агрегата планера. Его производство, требовавшее множества сложных и специфичных техпроцессов и оснастки, было организовано на Тушинском машиностроительном заводе (ТМЗ), имевшем известный опыт работ со стальными конструкциями и сваркой. На ТМЗ собирались опытные образцы сверхзвукового бомбардировщика Т-4 ОКБ П.О.Сухого, имевшего цельносварную конструкцию с широким использованием стали и титана. Полученный опыт и технологии сварки конструкционных сталей были использован при освоении сварных секций фюзеляжа МиГ-23. Получившим задание директору ТМЗ С.А Звереву и главному инженеру А.В. Потапову досталась нелегкая работа: дело шло трудно, потребовалось пересматривать и улучшать техпроцессы обработки и сварки агрегатов, а все выпущенные силовые отсеки проходили обязательный рентген-контроль. На ТМЗ попытались внедрить изготовление сварных отсеков МиГ-23 из титана, но технологически сложный материал не дал удовлетворительных результатов. Сварная титановая конструкция под нагрузкой поражалась трещинами еще сильнее, и единственными титановыми деталями остались хвостовой шпангоут и прикрывавший сопло хвостовой кок, сваренный из листового титана. При сварке деталей из титана ноблюдалось также "наводороживание" что приводило к потере прочности и герметичности сварного шва. В результате терялась прочность конструкции. Сворку баков из ВНС-2 в конце концов освоили и на заводе "Знамя труда". Сейчас в заводском музее стоит центральная бак-секция МиГ-23, первая из изготовленных на заводе, которая успешно прошло военприемку.
Самолет получил модернизированную прицельную систему "Сокол-23Н", что отразилось в его наименовании МиГ-23БН. В остальном оборудование и вооружение практически не претерпели изменений. В состав оборудования самолета добавился речевой информатор, голосом оповещавший летчика о нештатной ситуации на борту при выходе на опасные режимы. Он использовался на большинстве военных самолетов и вертолетов, но изо всего семейства "двадцать третьих" им комплектовались только ударные модификации, а истребители его так и не получили. В носовой части самолета сохранялся отсек станции предупреждения об облучении РЛС противника с радио-прозрачным обтекателем, однако аппаратура по-прежнему не отличалась надежностью и не устанавливалась. Из- за этого с одной из производственных серий самолета пластиковую крышку под ее антенну заменили обычной дюралевой панелью на винтах, служившей для доступа к дальномеру "Фон".
Помимо станции активных помех, в качестве пассивных средств РЭБ на самолете могли применяться НАР типа С-5П с помеховой боевой частью. Каждая ракета несла три пакета с волокнами металлизированного стекловолокна, служившими дипольными отражателями радиолокационного излучения. Залп ракет в ответ на облучение мгновенно образовывал перед самолетом завесу помех, прикрывавшую его от обзорных РЛС противника и державшуюся в воздухе до получаса. Производя пуск несколькими последовательными залпами с постепенной "разгрузкой" блоков, можно было продлить время постановки завесы и под ее прикрытием уйти из зоны действия РЛС, а снаряжение ракет диполями разных типов позволяло перекрыть широкий спектр частот РЛС (всего имелось семь видов ДОС, различавшихся длиной "соломки" и, соответственно, дававших засветки РЛС с разными рабочими диапазонами).