С переходом к отработке пусков по реальной цели доводилась система наведения и управления «Кометой» – аналог после сброса шел на цель, подобно боевой ракете, и лишь на конечном участке летчик отключал самонаведение, брал управление на себя и возвращался на аэродром. Все полеты прошли благополучно, хотя сами летчики считали их крайне непростыми. В одном таком полете аналог Амет-Хана сорвался с подвески с неработающим двигателем, который удалось запустить лишь у самой воды, в другом – у Бурцева не отключался автопилот и он, с трудом пересиливая рулевые машинки, едва смог отвернуть от корабля-цели. В полетах удалось выявить и другую проблему – обледенение двигателя ракеты, особенно в полетах над морем, при котором корка инея в камере сгорания делала невозможным его запуск. Выходом стало введение электрообогрева двигателя на подвеске.
Пускам предшествовала процедура настройки тракта управления. Носитель Ту-4 и ракету устанавливали на земле в «полетном» строю, включали аппаратуру и проверяли работу РЛС, автопилота и бортовых систем, оценивая прохождение команд и отработку рулей ракеты. Первый пуск ракеты, выполненный над Азовским морем у Арабатской стрелки в мае 1952 года экипажем капитана В.А.Никольского, завершился неудачей – из-за ошибки с установкой рулей ракета «провалилась», миновав луч РЛС, и упала в море.
В ходе дальнейших испытаний доводилась работа системы и принимались меры по улучшению стабилизации ракеты, страдавшей неустойчивостью по крену. В одном из пусков ракета после схода с подвески попала под винты носителя, повредив ему сразу два мотора и перебив тяги управления еще одним. У пилотируемого аналога такой тенденции не было, но поймать причину не удавалось. Поскольку аэродинамически ракета отличалась от аналога только отсутствием фонаря кабины, его решили восстановить, имитировав дюралевым колпаком. В таком виде «Кометы» даже пошли в серию, и лишь позднее дефект, вызванный спецификой стреловидного крыла, был окончательно устранен настройкой автопилота.
Госиспытания системы прошли с июля 1952 по январь 1953 года с положительными в целом итогами, причем ряд достигнутых результатов превосходил заданные. В их ходе из 12 запущенных ракет 8 поразили цель – бывший гвардейский крейсер «Красный Кавказ», выводившийся в море и курсировавший после снятия экипажа у Феодосии.
Избегая чрезмерных повреждений цели, ракеты использовались без БЧ, однако двухтонная «Комета» при скорости, близкой к звуковой, и без заряда пробивала борт корабля, оставляя дыры в 5-10 м
21 ноября 1952 года экипаж Никольского выполнил пуск «Кометы» со штатной БЧ. Цель, шедшая с 18-узловой скоростью, была обнаружена с дальности 120 км, с удаления 80 км при нахождении на траверзе Ялты. Экипаж произвел пуск, прямым попаданием отправивший корабль-цель на дно.
22 января 1953 года результаты испытаний обсуждались в присутствии Сталина, а вскоре ракетная система «Комета» была принята на вооружение. Видимо, это было одно из последних решений вождя, умершего несколькими неделями спустя. Указом от 3 февраля 1953 года ее создателей наградили Сталинской премией, Анохин и Павлов стали Героями Советского Союза. Известного аса-истребителя Амет-Хана, имевшего уже две «Золотые Звезды», производить в трижды Герои не стали, отметив лишь очередным орденом Ленина со вручением 50 тысяч рублей, полагавшихся лауреату Сталинской премии.
Со смертью Сталина и арестом Л.П.Берия, его сын и другие руководители КБ-1 были отстранены от дел. Ведущая роль в работе над «Кометой» постепенно перешла к подмосковному филиалу ОКБ-155 во главе с А.Я.Березняком, где развернулось серийное производство ракет. 2 июня 1953 года здешний завод №1 был переподчинен МАП, получив №256 (впоследствии ПО «Радуга»). Заводу выделялись 6 млн. рублей на капитальное строительство корпусов, жилья, расширение и реконструкцию.
Техдокументация на «КС» была запущена в производство в 3-м квартале 1951 года. Тем не менее первый задел агрегатов ракет, предназначенных для обеспечения испытаний, имел массу дефектов – фюзеляж и крыло имели хлопуны и волны по обшивке, часть узлов вообще не была проклепана, наблюдались изрядные отклонения от чертежей, а стыковочные узлы не совпадали на 10-20 мм, из-за чего собрать изделие было попросту невозможно. Для «одноразового» изделия не считали обязательным антикоррозионные покрытия, защиту анодированием и оксидированием, из-за чего многие детали быстро ржавели, а материалы теряли свои свойства.