К концу 1954 года авиация ВМФ насчитывала 31 авиадивизию со 120 авиаполками, в числе которых имелось 40 полков минно-торпедной авиации. Ракетное оружие давало морской авиации качественно новые возможности – инструкторы характеризовали «Комету» как «длинную дубину» нашего флота. Директивой ГШ ВМФ от 30 августа 1955 года на базе учебной части в составе авиации ЧФ был сформирован 124-й ТБАСП дальнего действия (с октября 1957 года – МТАП дд). В его составе, помимо 12 Ту-4 КС и 8 Ту-4, имелись также специальные самолеты-имитаторы СДК-5 на базе МиГ-17, оснащенные аппаратурой наведения «К-1». Они использовались вместо боевых ракет для тренировок экипажей носителей. Аналогичное ракете оборудование позволяло отрабатывать атаку практически во всех режимах, включая самонаведение, что позволяло сберегать боевые «Кометы» и давало возможность анализа работы комплекса по данным бортовой КЗА самолета-имитатора. Позже появились более совершенные самолеты СДК-7 и СДК- 15 того же назначения.
В 1955 году 124-й полк провел пробное трехмесячное дежурство на Северном флоте. В тренировках продолжали использоваться также пилотируемые аналоги «К», оснащенные лыжным шасси для посадки на снег и грунт. С освоением системы число пусков росло, в 1955 году составив 40, а в 1956 году – 42 (из них в 30 ракеты поразили цель).
К выявленным недостаткам системы относились подверженность канала наведения помехам, как активным, так и пассивным – «глушение» РЛС могло сорвать пуск, а рассеянное облако фольги-диполей экранировало корабль металлизированной «стеной». Не обеспечивалась избирательность системы при атаке групповой цели, из-за чего на этапе самонаведения ракета могла уйти на другой объект, ближайший или более заметный, вне усилий оператора; залповое и групповое применение ракет также осложнялось спецификой наведения, поскольку носителю требовалось выполнять маневр для ввода каждой «Кометы» в луч РЛС. Тем не менее вероятность поражения цели ракетой «КС» в полигонных условиях при отсутствии помех достигала 81%.
Наиболее слабой частью комплекса «Комета» выглядел сомолет-носитель Ту-4, малоскоростной и уязвимый. Для атак истребителей и появившихся зенитных ракет он был легкой мишенью. С 1953 года в производстве находился Ту-16, по характеристикам и боевой нагрузке вполне подходящий на роль ракетоносца. Работу упрощало использование уже отработанной системы, которую целиком перенесли на борт носителя Ту-16КС. Испытания опытной машины №4200305 начались в августе 1954 года, а в начале 1955 года самолет поступил на полигон Багерово для испытаний «противокорабельной авиационно-ракетной системы дальнего действия». Переделка включала установку модернизированной станции К-2М с гермокабиной оператора, которую пришлось разместить в бомбоотсеке, из-за чего она вышла крайне тесной и неудобной. Самолет оснастили доработанным оборудованием и парой подкрыльевых держателей БД-187 с соответствующей арматурой, крыло было усилено установкой более мощных лонжеронов.
Завод в Казани выпустил 107 ракетоносцев Ту-16КС (изделие НКС, самолет «Е»), поступивших но вооружение пяти полков морской авиации Черноморского, Северного и Тихоокеанского флотов.
По технике пилотирования Ту-16КС с двумя ракетами на взлете и посадке почти не отличался от обычных машин, а сброс ракет не влиял на его поведение и устойчивость. Корабль-цель обнаруживался РЛС за 160 км, захват и автосопровождение были устойчивыми. Однако громоздкая подвеска снизила максимальную скорость носителя до 894 км/ч с двумя ракетами и 960 км/ч – с одной, против 992 км/ч у исходного самолета. Существенно, почти в полтора раза, снизилась дальность – соответственно до 3135 и 3560 км, что отчасти компенсировалось введением системы дозаправки в воздухе с 48-й серийной машины.
Ввиду близких скоростей полета ракеты и носителя, тот при наведении мог оказаться в опасной близости от цели, из-за чего предписывалось при пуске и до попадания ракеты гасить скорость до 420 км/ч. По условиям запуска двигателя ракеты высота пуска ограничивалась 5000 метров. Тем самым достаточно высокие летные характеристики Ту-16 в зоне пуска, т.е. вблизи противника, практически сближались с возможностями его поршневых предшественников.
В 1957-58 г.г. провели ряд доработок ракетной системы. Запас топлива «КС» увеличили, повысив дальность до 130 км, добились надежного запуска до высоты 7000 м за счет поднятия давления топлива перед форсунками, причем удавалось выполнять запуск до высоты 10000 м. Ане- роидный высотомер дополнил более точный радиовысотомер. Для удобства хранения и транспортировки консоли крыла сделали складными. По результатам эксплуатации внедрили обогрев агрегатов и волноводов системы наведения, устранивший появление конденсата, обмерзание и сбои в работе по этой причине. Оптимизируя траекторию полета ракеты, доработали автопилот, обеспечив возможность пуска с малых высот – до 2000 м.