Наступили времена, когда средства на развитие береговой инфраструктуры, строительство и оборудование аэродромов, жилого и казарменного фонда, а также учебных баз и тренажёров постепенно сокращались, расходы на хранение и утилизацию военной техники не учитывались.
Служба из почётного долга стала превращаться в повинность, а в воинские части поступил циркуляр, которым офицерам предписывалось не выходить за пределы части в военной форме, поскольку за появление в ней могли и побить. Впоследствии, когда сроки носки обмундирования существенно увеличились, а выдача его стала производиться с существенными нарушениями, военную форму в большинстве штабов и управлений надевали только в служебное время.
Штаб авиации ВМФ не имел своего интеллектуального центра, который бы занимался прогнозированием перспектив развития и рациональным распределением выделяемых средств на приобретение техники, средств поиска и поражения и т.д. Так, например, в отделе боевой подготовки и оргмоботделе управления авиации ВМФ никто даже приближённо не мог сказать, сколько средств необходимо на содержание одного боеготового авиационного полка! В конечном итоге это приводило к неконтролируемому и нерациональному расходованию выделяемых средств, случалось, заказывались в промышленности устаревшие и несовершенные образцы техники и оружия из-за опасения потерять предприятия промышленности, лишиться квалифицированной рабочей силы, нередким было лоббирование своих изделий различными руководителями и представителями фирм.
В предложениях по "облику" морской авиации, периодически направляемых штабом авиации в Главный штаб ВМФ для последующего включения в программу вооружений, по- прежнему исходили из необходимости создания перспективных авиационных комплексов корабельного и берегового базирования, вооружения ударной авиации высокоточным оружием, модификации имеющейся техники, совершенствования организационно-штатной структуры, системы базирования и тылового обеспечения и т.п. Штаб авиации старался держаться в фарватере задач, решаемых флотами, и по возможности проводил свою линию в вопросах разработки вооружений. Это представлялось нелёгкой задачей, которая осложнялась рядом неопределённых факторов: амбицией руководителей; степенью объективности оценки научно-технического потенциала разработчиков, возможностями промышленности; размерами финансирования; расположения руководителей ВВС, ВМФ и т.п.
Предложения по составу вооружения, подготовленные в начале 90-х годов, составлялись в обстановке существенного сокращения финансирования. В связи с этим, отнюдь не по собственной инициативе, командованию авиацией ВМФ пришлось скорректировать планы перевооружения МРА на Ту-22МЗ и предусмотреть некоторое увеличение средств на корабельные штурмовики и противолодочные самолёты и вертолёты. Летательные аппараты вследствие усложнения оборудования и по ряду других причин становились всё более дорогими, как и их обслуживание. Разрабатываемые в соответствии с указаниями и обстановкой варианты развития морской авиации, даже на ближайшую перспективу, не претендовали на радикальные новшества, коренные изменения, а тем более повышение боевых возможностей. К примеру, каждый раз в этих предложениях в том или ином виде фигурировал самолёт- амфибия А-40, которому, судя по всему, не суждено занять место в строю сил морской авиации.
Морская авиация стала получать передаваемые из ВВС самолёты с весьма ограниченными, если не сказать сомнительными боевыми качествами, поскольку большинство их могло применять оружие только по визуально видимым целям. Самолеты имели ограниченный радиус, а их боевые средства не рассчитывались на поражение крупных морских целей.
На боевые возможности МРА в немалой степени влияла низкая надёжность самолётов Ту-22М2, которые с завидным постоянством дорабатывались. В 1990 г. пришлось даже прекращать на них полёты, лётному составу возвращаться на Ту-16 и эксплуатировать их, пока не закончили очередной этап доработок. Хорошо ещё, что к тому времени не успели разломать все Ту-16.
Штаб авиации ВМФ в октябре 1990 г. получил из Главного штаба ВМФ указание. Из него следовало, что согласно договорённости (в этот период политику государства кроме Горбачева вершили "крупнейшие" специалисты в области международных отношений вроде Шеварднадзе и ему подобных) число ударных самолётов морской авиации наземного базирования для каждой страны Европы не должно превышать 400 единиц. Предлагалось также определиться с терминами "морская авиация наземного базирования" и "морские патрульные самолёты". По-видимому, уровень знаний крупнозвёздных специалистов Генерального штаба и Главного штаба ВМФ оказался недостаточным, чтобы разобраться со столь "основополагающими" понятиями.