Боевое использование «Москито» происходило, в основном, на западном фронте, но как уже отмечалось, истребители Мк.II, а затем и истребители-бомбардировщики Mk.VI, начиная с 1942 года, действовали также с острова Мальта. Со второй половины 1943 года там же появились NF.Mk.XII и NF.Mk.XIII. В последний год войны 23-я и 256-я эскадрильи (соответственно, истребительная и ночная истребительная) совместно с 600-й и 255-й эскадрильями на «Москито» NF.Mk.XIX действовали в Италии; в апреле 1945 года 255-я стала получать NF.Mk.30. Несколько экземпляров этой последней модификации получили американские эскадрильи, летавшие на ночных истребителях «Бофайтер» в Северной Африке, но они мало их использовали. 256-я эскадрилья использовала несколько FB.Mk.VI в роли штурмовиков, приспособив для этой роли и один I NF.Mk.XIII, установив подкрыльные бомбодержатели. В | последние три месяца боевых действий в Италии имевшиеся у нее NF.Mk.XII и NF.Mk.XIII применялись для борьбы с истребителями, атаковавшими бомбардировщики.
Первоначально существовали сомнения в применимости «Москито» для действий в тропических условиях на Дальнем Востоке, касавшиеся надежности клея, использованного в конструкции фюзеляжа и крыла, а также способности его выдерживать атаки насекомых. Для проверки этих факторов несколько планеров Мк.II и Mk.VI в мае-августе 1943 года было доставлено морем в Индию. Месяцем позже два Мк.II с камерами в носовой части начали участвовать в разведывательных полетах 681-й эскадрильи, в сентябре аналогично начали использовать Mk.VI. В ноябре их применение перешло к 684-й эскадрилье в Дум-Дум под Калькуттой. Однако горстка истребителей использовалась только до тех пор, пока их не вытеснили появившиеся в достаточном количестве разведчики. Вскоре сомнения в пригодности самолетов для этого театра отпали и появились планы массового применения «Москито» в Юго-Восточной Азии. Первой перевооружилась 45-я эскадрилья, обменявшая пикирующие бомбардировщики «Вендженс» на FB.Mk.VI в феврале 1944 года. В том же году за ней последовала 82-я. В начале 1945 года к ним присоединились 47-я и 84-я эскадрильи. Эти части интенсивно применяли свои «Москито» днем и ночью против тактических целей всех видов. Кульминацией этих действий явился удар по Рангуну в мае 1945 года (к этому времени 110-я эскадрилья заменила 84-ю). В завершающей стадии войны 211-я эскадрилья также перевооружилась на Mk.VI, а 89-я и 176-я получили NF.Mk.XIX, но все эти части перевооружались слишком поздно, чтобы принять участие в борьбе с японскими силами. «Москито» против японцев использовали и австралийские ВВС, которые применяли как машины австралийской постройки, так и английские FB.Mk.VI.
Решение использовать изготовленные на месте «Москито» в австралийских ВВС было принято правительством Австралии в марте 1942 года в ответ на поданное ранее предложение австралийского филиала «Де Хевилленд», расположенного в Бэнкстауне под Сиднеем. В июне 1942 года в Австралию был доставлен морем один «Москито» Мк.II английской постройки (DD 664) для использования в качестве образца, однако возникли многочисленные проблемы, связанные с получением сырья и узлов, отсутствовавших в Австралии. Береза должна была быть заменена австралийскими породами древесины; предполагалось также использовать формальдегидный клей местного производства (того самого типа, который был признан вредным на сборочных линиях в Англии).
Поскольку нельзя было получить английские «Мерлины», австралийские «Москито» должны были быть оснащены аналогичными моторами американской фирмы «Паккард»: сначала Мк.31, аналогичные английским Мк.21, а затем Мк.69 с двухступенчатым нагнетателем. За прототип был принят истребитель-бомбардировщик FB.Mk.VI.
Образец «Москито» NF.Мк.II был облетан в Бэнестауне (уже с австралийским номером А52-1001) 17 декабря 1942 года, а затем на нем поставили двигатели Паккард «Мерлин» 31, с которыми он впервые взлетел 23 марта 1943 года. Такие же моторы были использованы на первом «Москито» местного изготовления, VI полетевшем 23 июля 1943 года. Он получил обозначение FB.Mk.40 и включал многие элементы оборудования, импортированные из Великобритании. Производство разворачивалось медленно. Первый «Москито» FB.Mk.40 был сдан ВВС в марте 1944 года, в последующие три месяца за ним последовало еще четыре, а затем в сентябре еще три. Но затем темпы возросли: к декабрю 1944 года – 26, а к маю 1945 года – еще 49 машин. Выпуск продолжался до конца войны с Японией. Всего было построено 212 штук (из них три разбились до сдачи ВВС). Все они, в основном, были типа FB.Mk.40, хотя шесть самолетов выпуска 1944 года были переделаны в невооруженные разведчики PR.Mk.40, 28 превращены в PR.Mk.41 с несколько отличным оборудованием, а 22 – в учебные Т.Мк.43. Первые 100 австралийских самолетов имели моторы Паккард «Мерлин» 31, а остальные Паккард «Мерлин» 33 с лопатообразными лопастями винтов. На одном самолете поставили «Мерлины» 69 с двухступенчатым нагнетателем и он был переименован в FB.Mk.42.