В документах РГВИА, относящихся к октябрю 1915 г., подпоручик Прокофьев-Северский Александр Николаевич числится на третьей станции в Ревеле). В начале 1916 г. Прокофьев приступил к службе на петербургском заводе 1 — го Российского товарищества воздухоплавания в качестве наблюдателя за постройкой и испытанием гидросамолетов, предназначенных для авиации Балтийского моря. К этому периоду относится начало его конструкторской деятельности, причём он часто занимался этим в содружестве с другими специалистами. Прокофьев предложил регулируемые по росту лётчика педали управления рулём направления, лыжные шасси для "летающих лодок" Григоровича. Применение такого устройства позволяло использовать гидроавиацию на Балтике и в зимние месяцы, когда вода покрывалась льдом.
Впоследствии Прокофьев напишет: "До катастрофы авиация была для меня только одним из замечательных видов спорта. Теперь же случившееся со мной несчастье сделало меня восторженным почитателем чудес аэродинамики и гидродинамики. Я понял, что авиация — это больше чем полеты, это еще наука и искусство".
Прокофьев был уверен, что протез не мешает летать. Многие авторы пишут о том, что Прокофьев самовольно взлетел на самолёте М-9 и демонстрировал перед комиссией, находившейся на аэродроме, фигуры пилотажа. Напомним, Прокофьев потерпел катастрофу на летающей лодке "ФБА". Поэтому более правдоподобной представляется следующая версия. В этот период самолёты на заводе испытывал летчик Фриде, который вполне мог выполнить с Прокофьевым на М-9 несколько полётов. После этого Прокофьев рискнул самовольно взлететь на новом для него типе самолёта и выполнить несколько виражей, за что и был наказан. Его спасло заступничество товарищей и указание Николая II, допустившего Прокофьева к полётам. Не исключено, что имелось также и разрешение врачебной комиссии. В 1917 г. Прокофьеву присвоен чин лейтенанта.