Параллельно конструкторское бюро Микулина (ОКБ-ЗОО) работало над высотными моторами для бомбардировщиков и истребителей. АМ-39 являлся дальнейшим развитием двигателя АМ-37 на базе узлов и агрегатов АМ-38Ф с двухскоростным ПЦН, водо-воздушным интеркулером и беспоплавковыми карбюраторами К-39БП. Разработка проекта была начата в 1942 г., отдельные узлы опытных образцов изготовлялись на заводах № 24 и № 45. В январе 1943 г. уже велись доводочные испытания первого варианта двигателя, АМ-39, с карбюраторами К-42БП. В 1943-46 годах создали еще несколько модификаций мотора. В марте 1944 г. АМ-39 прошел госиспытания, но в большую серию не запускался.
В апреле 1944 г. десять АМ-39 изготовили на заводе № 45, в мае- июне того же года 22 экземпляра переделали на опытном заводе № 300 из АМ-38Ф с использованием узлов, изготовленных заводом № 45. Но в эту партию входили моторы разных модификаций. Большая часть представляла собой АМ-39 максимальной мощностью 1800 л.с., однако, несколько штук относились к типу АМ-39А с нагнетателем от АМ-38Ф, но с двухскоростной передачей. Интеркулер оставался водо-воздушным. АМ-39А проходил государственные испытания в марте 1944 г., а в июле — летные испытания. По крайней мере один мотор был типа АМ-39А-ТК с турбонагнетателями ТК-Б. Он испытывался на самолете И-224 в феврале 1944 г. Существовал и АМ-39Б (АМ- 39Б-ТК), 1580/1890 л.с., вариант предыдущего типа с двумя турбонагнетателями ТК-300Б и воздуховоздушным интеркулером. Мощность равнялась 1580/1890 л.с. Этот мотор испытывался в июне 1944 г. на опытном высотном перехватчике И-224. Третьей модификацией с турбонаддувом являлся АМ-39В с одним турбонагнетателем АМТК-1, установленным на одном блоке двигателя (асимметрично); с другой стороны монтировались обычные выхлопные патрубки.
АМ-39Ф оснащался новым односкоростным ПЦН, был форсирован по оборотам и наддуву, расчетная номинальная мощность у него должна была дойти до 1800 л.с. В ноябре 1944 г. мотор прошел заводские испытания, а затем летные на самолете «63». Интеркулер на нем не устанавливался, а чтобы справиться с перегревом на форсированных режимах, предусмотрели впрыск воды.
На АМ-39ФК экспериментировали с форкамерным зажиганием. Получили максимальную мощность 1850 л.с. В начале 1946 г. изготовили два опытных экземпляра и начали заводские испытания, в следующем году выпустили еще семь двигателей. Но на государственные испытания АМ-39ФК не предъявлялся.
АМ-39ФН (он же ФНВ) — форсированный вариант с непосредственным впрыском, разрабатывался в ОКБ-ЗОО с середины 1944 г. Он отличался улучшенной гидравликой ПЦН, увеличенным диаметром его крыльчатки, увеличенным диаметром клапанов, всасывающими патрубками по типу американского мотора Аллисон V-1710. Испытания велись с августа 1944 г., официальные заводские испытания проходили в январе 1945 г. Максимальная мощность сначала была 1850 л.с., позже ее довели до 2130 л.с. Летом 1945 г. моторы испытывались на бомбардировщике Ту-2. Работы по АМ-39ФН были прекращены в сентябре 1945 г. по распоряжению Микулина в связи с успехом следующей модификации, АМ-39ФН2. Это был аналог АМ-39ФН на базе нового двигателя для штурмовиков, АМ-42. Он имел максимальную мощность 1850 л.с. и вес 1080 кг. В 1-м квартале 1946 г. изготовили пять экземпляров, на которых вели государственные испытания.
Позже АМ-39ФН2 переименовали в АМ-40. В 1946-48 годах заводом № 24 были изготовлены 34 экземпляра. Эти моторы испытывались в 1947 г. на одной из модификаций Ту-2.
Ранее уже говорилось, что Микулин работал над двигателем с удлиненным валом и вынесенным редуктором на базе АМ-37. Хотя задание выдали еще в 1940 г. фактически проектирование начали только в 1942 г. и вскоре за основу вместо АМ-37 взяли АМ-39. Максимальная мощность была меньше, чем даже у ранних АМ-39, и ограничивалась 1600 л.с. Возможно, это ограничение шло от трансмиссии, которую исходно делали под АМ-37. Мотор назывался АМ-39УВ, а позже АМ-41. Изготовили три опытных экземпляра.
Доводку одного из них закончили к лету 1943 г. и поставили его на истребитель Гу-1, который в ходе летных испытаний потерпел катастрофу 14 июня того же года. Более работы по АМ-41 не велись, государственных испытаний он не проходил.