Весной следующего года несколько летчиков и штурманов 33-го Центра завершили летное переучивание в Таганроге и получили допуск в качестве инструкторов. К маю Центр располагал первыми двумя Бе-12 (бортовые номера 20 и 21), однако для переучивания старались использовать самолеты, которые предназначались для авиации флотов и поставлялись в Очаков. По окончании учебной программы летный состав перегонял их в свои части. Первой из строевых частей, приступивших к освоению Бе-12, стал 318-й ОПЛАП ДЦ**** авиации ЧФ, группа летно-технического состава которого под руководством м-ра Б.Жидецкого прибыла в Очаков в июле-августе 1965 г. (последняя, третья эскадрилья этого полка во главе с м-ром Пряхиным завершила переучивание в апреле 1968 г.). Примерно в середине 1966 г. в 555-й ПЛСАП поступил третий Бе-12, которому присвоили номер 25 (в настоящее время эта машина демонстрируется в музее ВВС в Монино), а к началу 1967 г. в частях авиации ВМФ числилось уже 12 Бе-12 первой серии. В том году происходило переучивание отдельной противолодочной эскадрильи авиации ТОФ, которой командовал п/п-к В.С.Токарев. В 1968 г. к освоению самолета приступил личный состав отдельного противолодочного полка авиации СФ с вновь назначенным командиром п/п-ком Ю.С.Гвоздевым. В марте 1970 г. переучилось последнее подразделение - 49-я ОПЛАЭ авиации БФ, базировавшееся на аэродроме Коса. Эту группу возглавлял п/п-к Н.Г.Дмитриев[***** Автор приносит извинения за неточность, допущенную при изложении последовательности переучивания в статье «Охотники за невидимками», опубликованной в журнале «Авиация-Космонавтика», №18, 1996 г.].
Переучивание завершилось успешно, несмотря на несколько поломок. Так, летчик-североморец м-р Банько допустил грубую посадку и повредил подкрыльный поплавок. (В 1970 г. Банько погиб на аэродроме Кипелово из-за срабатывания на земле стреляющего устройства катапультируемого кресла Бе-12). Другой случай связан с неграмотным запуском летчиком-инспектором 33-го Центра п/п-ком И.Гузеевым остановленного в учебных целях в полете двигателя. Лишь случайно на борту не начался пожар. В итоге самолет пришлось сажать на одном моторе. Как ни странно, но при разборе случившегося виновник был выставлен в самом лучшем свете, а неграмотные действия отмечены как инициативные. Гузееву даже присвоили звание «Заслуженный военный летчик СССР».
Ведущая роль в разработке основ боевого применения Бе-12, безусловно, принадлежит научно-исследовательским отделам 33-го Центра. К началу переучивания строевых частей методический отдел Центра подготовил программу переучивания и курс боевой подготовки, который во многом копировал таковой для Бе-6. В нем излишне много внимания уделялось радиолокационному поиску и бомбометанию с помощью оптического и радиолокационного прицелов на сухопутных полигонах. Выяснилось, что установленный на самолете коллиматорный прицел НКПБ-7 практически невозможно применять для бомбометания: расчетный угол прицеливания (высота 500 м, скорость полета 350-400 км/ч) составляет 65-68°, а угол визирования, который обеспечивает прицел,- 62°. С увеличением высоты до 1500-2000 м угол прицеливания уменьшался до 35-40°, но боевой курс оказывался столь коротким (15-20 с), что экипаж не успевал произвести боевую наводку. Это одна из причин, по которой бомбометание на сухопутных полигонах производилось по радиолокационно-контрастным целям с использованием в качестве визира бортовой РЛС в комплексе с ПВУ-С-1. Прицеливание сводилось к наложению электронного перекрестия на изображение цели на индикаторе РЛС с помощью рукояток визирования прицельно-вычислительного устройства. Однако быстро выяснилось, что перемещать перекрестие с высокой точностью вслед за отметкой цели довольно сложно. К моменту сброса ошибка прицеливания в некоторых случаях приводила к промаху на 300- 350 м. Хорошо, что бомбометание являлось для Бе-12 задачей второстепенной.
Для выработки практических рекомендаций строевым частям по слежению за обнаруженными ПЛ в 33-м Центре провели специальные исследования. В ходе этой работы старший ведущий офицер-штурман научно-исследовательского отдела п/п-к Л.В.Терещенко предложил при слежении за подлодкой применять автоматику ПВУ-С-1 для постановки перехватывающих барьеров из буев. Для проверки теоретических положений провели серию исследовательских полетов с контролем за траекторией, а также два слежения за ПЛ в районе южнее Тендеровской косы с применением РГБ-НМ (субмарина выделялась Одесской ВМБ). Отработанные рекомендации были направлены в части.