Мнение летного состава о Бе-12 было неоднозначным. Все зависело оттого, с чем сравнивать. Летчики, ранее летавшие на Бе-6, где даже штурвал был обмотан какой-то бечевкой, считали, что новая амфибия превосходит его по всем показателям. Но среди них были и те, кто ранее эксплуатировал Ту-14, Ту-16 и Ил-28. У этой категории Бе-12 восторгов не вызывал. Очень многим не нравился дизайн кабин, а особенно неудобным было рабочее место штурмана. Впервые увидевшие его недоумевали, как в подобных условиях можно работать с картой. Но больше всего летчикам досаждали сильный шум и вибрации, которые не только затрудняли использование гидроакустических средств поиска ПЛ и вели к снижению работоспособности экипажа, но, как утверждают некоторые врачи- урологи, отрицательно сказывались на его здоровье, способствуя образованию камней в почках и мочевом пузыре. Для уменьшения воздействия шума в штатные шлемофоны вставляли заполненные глицерином полиэтиленовые емкости, а сверху надевали защитный шлем. Светофильтры при этом летчики снимали, боясь зацепиться ими за ручки открытия верхних люков. Эффективность глицериновой защиты оказалась невысокой, ведь шумы и вибрации воспринимаются не только органами слуха: стоило пилоту прижаться головой к заголовнику кресла, как у него начинали стучать зубы. Надо сказать, что на Бе-12 защитный шлем был действительно необходим, т.к. занять рабочее место, не стукнувшись обо что-нибудь головой, было невозможно. Свидетельство тому - многочисленные вмятины на шлемах.
Фонарь кабины летчиков был подслеповатым и затруднял взлет и посадку. К тому же, на Бе-12 первых серий устанавливались не очень надежные электроприводные стеклоочистители. Позже их снабдили гидроприводом, но летчики продолжали заходить на посадку с открытой левой форточкой.
Так как воздушные винты на Бе-12 имеют одинаковое левое вращение, на самолет воздействует сильный реактивный момент, что особенно проявляется на взлете. Для компенсации момента шайбы вертикального оперения развернули вправо на 2°, однако эта мера оказалась эффективной лишь при попадании на них воздушных струй от винтов, т.е. при убранных закрылках. При их выпуске струи проходят ниже кильшайб, и бороться с разворотом самолета вправо летчикам приходится, давя изо всех сил на левую педаль (нагрузка на нее возрастает на 25-30 кгс). Вследствие того, что в момент уборки закрылков поток от винтов вновь попадает на шайбы, нагрузка на педаль резко уменьшается, а самолет норовит вильнуть влево.
Из-за большой площади боковой поверхности лодки Бе-12 во время разбега стремился развернуться «на ветер». Если дуло справа, приходилось не только полностью отклонять левую педаль, но применять тормоза и отклонять штурвал. Кстати, недостаточный теплоотвод от тормозов приводил к их частому перегреву, что вынуждало пользоваться ими с большой осторожностью. Иногда перегрев обнаруживался не сразу, а лишь после заруливания, когда от высокой температуры камера колеса разрушалась, а самолет садился на обод, вызывая каскад сложных идиоматических выражений техсостава. В ходе переучивания летчики, ранее летавшие на гидросамолетах, нередко так нажимали на тормозную педаль, что стирали все слои корда пневматиков, иногда даже не замечая этого. Это привело к нескольким летным происшествиям.
По-видимому, создатели Бе-12 полагали, что рост летчиков не бывает меньше 170-175 см. По этой причине невысокие пилоты испытывали во время взлета большие затруднения. Им, например, приходилось подкладывать себе подушку, а поднимать хвост самолета после достижения определенной скорости требовалось объединенными усилиями двух летчиков. Особенно ярко это проявилось в январе 1980 г., когда к переучиванию на Бе-12 приступили вьетнамские летчики. Наверное, те, кто отбирал для этого кандидатов, не имели о бериевской амфибии никакого понятия, т.к. приехавшие в Донузлав вьетнамские курсанты оказались для нее явно «жидковатыми». О состоянии их физической подготовки свидетельствует хотя бы то, что в ходе вывозных полетов двое из них потеряли сознание. Пришлось перевести всю Группу на усиленное питание (в тот период армия еще не голодала), и за короткое время они прибавили в весе по 6-10 кг.
Неувязки с переучиванием начались с самого начала, когда теоретический курс летчикам пришлось увеличить с 324 до 444 часов, примерно на столько же - специалистам по планеру и двигателю, а радиоэлектронщикам и вооруженцам количество занятий удвоили. Не лучше обстояло дело и с полетами, к которым приступили после изучения на русском языке перечня команд, названий приборов и т.п. Оказалось, что многие вьетнамцы имеют опыт полетов лишь на спортивных самолетах, поэтому переучивание фактически вылилось в обучение и затянулось на полгода (окончилось в феврале 1981 г.). Вместо 43 летных смен по плану было затрачено 72 (630 часов). Отдельным летчикам количество вывозных полетов пришлось увеличить в 8-10 раз и только после этого с большой опаской выпускать самостоятельно.