Первое торпедометание с Бе-12 торпедой АТ-1 выполнено 14 мая 1966 г. экипажем 318-го ОПЛАП ДД. Полученный вскоре опыт привел к совершенно неожиданным выводам. Оказалось, что в случае, если скорость ПЛ не превышает 10 узлов, применение оружия после определения элементов ее движения на двух последовательно выставленных барьерах не дает никакого выигрыша в вероятности поражения по сравнению с торпедометанием в зону реагирующего буя без предварительного определения элементов движения лодки. Вероятность оставалась на уровне 0,13-0,24. Отклонения как в первом, так и во втором случае были значительными и превышали радиус действия акустической системы самонаведения торпеды, равный 300 м. Некоторого увеличения вероятности поражения ПЛ можно было добиться за счет серийного применения торпед и использования более мощных средств поражения, например, с ядерным зарядом.
Теоретическое обоснование применения двух торпед произвели офицеры научно-исследовательского отдела 33-го Центра п/п-ки В.Ачкасов и О.Денисенко. Расчеты показали, что вероятность взаимных помех системам самонаведения торпед, сброшенных с линейным интервалом 600-700 м, невелика. Проведенные в июне 1969 г. исследовательские полеты со сбросом двух торпед АТ-1 на морском полигоне в районе мыса Чауда, подтвердили правильность расчетов, но практической реализации в авиации флотов эта идея не нашла. В середине 60-х гг. для Бе-12 и других противолодочных самолетов разработали и приняли на вооружение ядерную бомбу с подводным взрывом СК-1 "Скальп". Ее масса составляла 1600 кг, радиус поражения ПЛ достигал 800 м. На Бе-12 можно было подвесить одну такую бомбу и до 10 буев на наружные держатели - минимальное количество для уточнения гидроакустического контакта.
Рекомендации экипажам по применению СК-1 также разрабатывались в 33-м Центре. Основные положения проверялись в практических полетах. Одним из наиболее сложных оказался маневр для сброса СК-1 в случае получения контакта магнитометром. Для сброса бомбы нужно было иметь не только безопасную высоту, но и произвести маневр в кратчайшее время. Однако вероятность применения ядерного боеприпаса по "отписке" магнитометра, ввиду ее неопределенности, была крайне мала.
Как видно, возможности Бе-12 по решению противолодочных задач были невысокими. В той ситуации следовало бы в первую очередь повысить его возможности по поиску ПЛ, однако этого не произошло, и 29 марта 1967 г. принимается решение о модернизации бортового оборудования с задачей "увеличить вероятность поражения ПЛ в подводном положении в два раза". В этой связи обратили внимание на необходимость повышения точности измерения элементов движения ПЛ и выработки прицельных данных бортовыми системами. Но это общая схема, а в деталях она оказалась не столь простой и переросла в разработку довольно оригинальной поисково-прицельной системы, в состав которой вошли: СПАРУ-55; многоканальное УКВ-устройство "Нара"; ПВУ "Нарцисс" с анализатором цели; РЛС "Инициатива-2БН"; магнитометр АПМ-73С "Бор", а также необходимое для обеспечения работоспособности ППС бортовое оборудование, бомбовое и торпедное вооружение.
Основными источниками информации о подводной обстановке остались пассивные ненаправленные буи РГБ-НМ и РГБ-НМ-1, но для определения местоположения ПЛ и элементов ее движения непосредственно перед применением оружия Бе-12 оснастили 10 пассивными буями направленного действия РГБ-2. Они обеспечили пеленгование ПЛ и передачу этих данных на самолет с частотой 6-8 раз в минуту. Появилась возможность по нескольким парам пеленгов уточнить положение цели. Продолжительность работы РГБ-2 составляет 40-45 минут.
Для приема и первичной обработки радиогидроакустической информации, передаваемой РГБ-2 одновременно по 10 каналам, используется "Нара". Основным связующим звеном новой поисково-прицельной системы ППС-12Н является ПВУ "Нарцисс" - векторный прицел с полуавтоматическим сопровождением цели, в состав которого входит цифровая вычислительная машина. Очень интересное и оригинальное устройство - анализатор цели. На его индикаторе отображаются сигналы от РГБ-2. Видя на экране отметки работающих буев, штурман по характеру разверток анализирует поступающую информацию. На самолетах Ил-38 и Ту-142, не оснащенных анализаторами целей, подобную задачу решают два оператора, используя два экрана.