Некоторые доработки провели и на бортовой РЛС. Она получила возможность взаимодействия с маяками-ответчиками буев РГБ-2 на дальности 25-30 км и прицеливания при бомбометании по надводным целям, а также синхронного полуавтоматического сопровождения ориентира при совместной работе с ПВУ "Нарцисс". Уже в процессе модернизации ППС решили снабдить Бе-12 более совершенным магнитометром АПМ-73С. Хотя он оказался не столь эффективным, как ожидалось, но в сравнимых условиях дальность обнаружения ПЛ с его помощью достигала 400 м. На самолет была установлена телекодовая аппаратура ПК-025, с помощью которой производился автоматический обмен информацией между самолетами в группе и с кораблями, включая пятнадцать типовых команд. Наличие на борту подобной аппаратуры дало возможность выполнять сброс оружия, используя данные другого самолета (вертолета, корабля).
Модернизация ППС продолжалась довольно долго. Только в апреле 1976 г на вооружение был принят ее новый вариант, а еще через некоторое время приступили к оснащению им самолетов, получивших в связи с этим обозначение Бе-12Н. Новая аппаратура несколько повысила возможности экипажа по классификации контакта, но на тактику поиска субмарин практически не повлияла (барьеры буев, поля, зоны сплошного гидроакустического покрытия). А вот арсенал приемов поражения ПЛ существенно пополнился. В общем случае экипаж, обнаруживший с помощью буев РГБ-НМ подводную лодку, выявляет направление ее движения и перпендикулярно ее курсу выставляет барьер из шести-восьми РГБ-2. Получаемая информация воспроизводится на анализаторе цели, затем поступает в вычислитель. Для выработки прицельных данных необходима информация от двух буев, промер базы между которыми осуществляется штурманом путем последовательного наложения электронного перекрестия РЛС на отметки маяков-ответчиков. Однако существует возможность применения оружия и поданным только от одного РГБ-2. В этом случае вынос точки прицеливания вводится вручную, а пеленг - от анализатора цели автоматически.
Этим возможности ПВУ не исчерпываются. Как и в предыдущей версии ППС, имеется возможность выработки прицельных данных по информации от двух разновременно реагирующих буев РГБ-НМ, выставленных в двух барьерах. Специальный режим обеспечивает прицеливание по двум последовательным контактам, установленным с помощью магнитометра.
Практически сразу после поступления на флоты Бе-12 стали широко привлекаться на различные учения, где отрабатывалось их взаимодействие с разнородными противолодочными силами. Постепенно экипажи постигали сложное искусство поиска и слежения за ПЛ. По мере приобретения навыков началась боевая служба - полеты с задачей поиска, а при необходимости слежения за обнаруженными субмаринами. Боевая служба решалась в двух основных формах. Экипажи могли находиться на аэродроме в высокой степени готовности к вылету для восстановления потерянного контакта с ПЛ, уточнения ее места, продолжения слежения и др. Это был так называемый "поиск по вызову". Однако наибольший интерес представляли самостоятельные или совместные с разнородными силами ПЛО флота действия, в том числе и в поисковых противолодочных операциях.
В первые годы поиск ПЛ производился преимущественно с помощью бортовых РЛС. Различного рода специалисты предлагали "теоретически грамотно" использовать РЛС: работать в так называемом "паузном" режиме, периодически выключая высокое напряжение на траверзных курсовых углах. Единственное, что объединяло все эти рекомендации, - неприемлемость для практической реализации, поскольку те, кто их предлагал, не знали особенностей РЛС. Применять же для обследования обширных морских просторов РГБ, имевшиеся в ограниченном количестве и довольно дорогие, не представлялось возможным. Экипажу для боевой подготовки выделялось 26-30 буев в год, а остальные поступали с заводов на пополнение боекомплекта. Пришлось применять для первичного поиска ПЛ магнитометрические средства, хотя их низкая эффективность не вызывала сомнений. Магнитометрический поиск выполнялся на высоте 60-70 м. что исключало использование автопилотов. Длительный полет на малой высоте утомителен, и в авиацию флотов поступили указания ограничить его продолжительностью 45 мин, после чего в течение 15 мин производить полет на большой высоте. Развороты для изменения направления поисковых галсов рекомендовалось выполнять с набором высоты.
Предложения по тактике действия Бе-12 разрабатывали не только в 33-м Центре, но и в авиации флотов. В частности, большой вклад внесли М.Ишметьев, В.Воробьев, Н.Саркисьянс, Р.Калмыков, Водоладов и многие другие.