Высокое расположение двигателей и схема шасси с хвостовым колесом создают опасность капотирования самолета. Поэтому при опробовании двигателей на земле инструкция предписывает швартовать хвостовую стойку, а РВ отклонять полностью вверх. Правда, на стоянке при убранных закрылках самолет не капотирует при любом режиме двигателей до взлетного включительно. При отклонении закрылков на 25° хвостовое колесо отрывается от земли при режимах, больших 0,75 номинального. В связи с этим самолету запрещено руление с отклоненными закрылками, а на взлете, когда закрылки находятся в положении 15°, двигатели выводятся вначале на 0,7 номинала, и только когда снятый с тормозов самолет начинает движение, режим работы двигателей плавно доводится до взлетного. На противокапотажные свойства самолета оказывает влияние его центровка (на взлете должна быть не менее 20%САХ). Опасность капотирования увеличивается при эксплуатации с грунта, особенно при прочности грунта менее 4 кгс/см². Известен случай капотирования самолета в Бердянске (экипаж командира отряда м-ра Чиркина В.И.), когда на пробеге заклинило тормоз правого колеса. Самолет коснулся носовой частью лодки БВПП (представьте ощущения штурмана к-на К.Середы), а затем опрокинулся на хвост, при этом была разрушена хвостовая опора шасси. Она же подвела и экипаж к-на В.Кувшинова, сложившись во время пробега по БВПП в том же Бердянске. Самолет повреждений не получил, за исключением водоруля, который стерся наполовину. Точную причину отказа не нашли, но хвостовую стойку заменили. Еще один случай имел место в Мариуполе с экипажем п-ка М.И.Харченко. В первой половине разбега, когда для выдерживания направления взлета применяется раздельное торможение колес основных стоек шасси, разрушилось колесо правой стойки. Самолет взлетел, но как выполнять посадку? Долго совещались и решили сажать самолет на грунт. А дело было весной, и прочность его не превышала 5 кгс/см². Велико было напряжение всех наблюдавших за посадкой, но Харченко мастерски выполнил эту работу.
Определенные хлопоты при эксплуатации доставляла и силовая установка Бе-12, в основном, в зимних условиях. Например, очень капризной при низких температурах становилась маслосистема ВСУ АИ-8. Однажды при заполнении баков самолета топливом из-за отказа кранов заправки произошло разрушение кессона крыла, и самолет долго восстанавливали. А вот почти курьезный случай: как известно, очередность запуска АИ-20Д не играет роли - теоретически можно первым запускать как левый, так и правый двигатель. Но нашелся самолет (кажется, бортовой №65) который в одно прекрасное время начал признавать только вполне определенный порядок: сначала правый двигатель, а уж затем левый, но ни в коем случае не наоборот - иначе второй просто не хотел запускаться. Что только ни делали (вплоть до замены ТВД) - результат нулевой. А причина оказалась проста - отказал обратный клапан системы отбора воздуха от правого двигателя.
Хочу также отметить эксплуатационную сложность и низкую надежность противолодочного оборудования Бе-12. Редкая летная смена с боевым применением обходилась без отказов и замечаний в работе, хотя в училище использовался очень ограниченный комплект вооружения: гидроакустические буи, ориентирные морские и практические бомбы П-50-75. Для качественной подготовки самолетов жизнь вынудила нас выработать свою четко спланированную последовательно-параллельную систему обслуживания.