В конце октября Бимонт перегнал бомбардировщик на испытательную базу RAF Боском Даун (графство Уилтшир) для дальнейших испытаний военными летчиками. Винг коммандер Дэвис (Davies), сквадрон лидер Сэкселбай (Saxelby) и флайт лейтенант Каллард (Callard) выполнили на машине 10 полетов и в целом дали ей очень высокую оценку, отметив прекрасные летные данные. И это при том, что практически после каждой летной смены инженеры устраняли неисправности (замена блоков управления правым двигателем, замена сливного клапана и т.д.). Конечно же, военные испытатели высказали ряд замечаний, но они были вполне устранимы. Например, отмечалась недостаточная управляемость при передней центровке, неудачное размещение некоторых элементов арматуры кабины. Как заметил Каллард, «критиковать этот самолет чрезвычайно трудно, и это, безусловно, – лучшая машина, которую испытывали в Боском Даун за много лет». В заключительном акте испытаний было объявлено об их успешном окончании, и 14 ноября VN799 вернулся в родные пенаты.
Второй опытный образец (№ VN813), оснащенный двигателями «Нин», впервые поднялся в воздух 9 ноября 1949 г. под управлением Бимонта. Для улучшения путевой устойчивости самолет имел увеличенный форкиль. Больший мидель мотогондол, как и предполагалось, увеличил лобовое сопротивление и уменьшил скорость полета на 0,05 М. Этот самолет оказался чрезвычайно полезным в доводочных испытаниях, в которых он участвовал до конца 1950 г., после чего был передан фирме «Роллс-Ройс» для дальнейших работ по двигателю «Нин». Кстати, это была первая «Канберра», окрашенная в соответствии с новой схемой Бомбардировочного командования RAF. черный низ и светло-серый верх. Впоследствии самолет использовали в качестве летающей лаборатории Королевское Радарное Учреждение (Royal Radar Establishment- RRE) и фирма Folland Aircraft. В декабре 1959 г. машину списали.
Третий опытный экземпляр (VN828), имевший уже обозначение B.Mkl, был построен по образцу первой машины, но имел вертикальное оперение без форки- ля, доработанный руль поворота и носовую часть, подготовленную для установки радара. Самолет собрали на серийном заводе в Сэймлсбьюри, и 22 ноября Бимонт перегнал его в Вартон. Следующие 10 лет машина не только участвовала в доводочных испытаниях, но и использовалась в интересах RRE в качестве летающей лаборатории. Это была первая «Канберра», достигшая высоты 15200 м. Впоследствии самолет переделали в прототип модификации Т. 11 для тренировки пилотов перехватчиков «Джавелин». В декабре 1961 г. его носовую часть перенесли на борт WJ643, который еще долго использовало летное подразделение фирмы Ferranti Flying Unit в испытательных целях.
Последний – четвертый – прототип (№ VN850) был практически идентичен VN828, но имел усовершенствованные двигатели «Эйвон» RA2 и подвесные топливные баки (ПТБ) на законцовках крыла. Он совершил первый полет 20 декабря и, в основном, использовался для изучения влияния ПТБ на аэродинамику машины и отработки системы их сброса. В дальнейшем самолет участвовал в зарубежных презентациях, первой из которых стал показ в парижском Орли 11-12 июня 1950 г. Этой машине была уготована не долгая жизнь. Став летающей лабораторией фирмы «Роллс-Ройс» по доводке двигателя «Эйвон», она 13 июня 1951 г. потерпела катастрофу из-за пожара двигателя на посадке. Это была первая, но далеко не последняя катастрофа «Канберры».
Пока шли испытания прототипов, между Уильямом Питтером и гендиректором завода в Престоне Артуром Шеффилдом разгорелась настоящая внутриведомственная война. Питтер не видел перспектив развития своего КБ, не имея возможности распоряжаться производственной базой, а Шеффилд не подпускал конструкторов к производственному процессу на пушечный выстрел. Президент «Инглиш Электрик» Джордж Нельсон старался примирить стороны, пытаясь предотвратить уход Питтера из КБ, но компромисс найти не удалось. Передав дела Пэйджу, Питтер покинул компанию в марте 1950 г.
Уход главного конструктора был не единственной проблемой в развитии программы «Канберры». Первоначально предполагалось установить на бомбардировщик радиолокационный прицел для бомбометания с больших высот, однако соответствующая модификация радиолокатора H2S, исходный вариант которого применялся еще в годы Второй мировой войны, ко времени создания «Канберры» еще не «созрела». Тогда в дополнение к летчику и штурману решили ввести в состав экипажа бомбардира, для которого организовать застекленное рабочее место в носовой части самолета, и установить обычный оптический прицел. Новая спецификация получила наименование В5/47, а бомбардировщики, построенные по ней, – В.Мк 2.