В первый период войны в связи с наступлением немецко-фашистских армий возникла необходимость в обеспечении приозерных флангов наших войск и содействия им на озерах (огневая поддержка, обеспечение перевозок и переправ). По решению наркома ВМФ, на основе учебных отрядов кораблей на Чудском, Ладожском, Онежском и Ильменском озерах были сформированы флотилии, которые оказали существенную помощь нашим войскам в обороне.
Ладожская военная флотилия начала формироваться 25 июня на базе учебных кораблей и личного состава ленинградской группы военно-морских учебных заведений. Командующий — капитан 2-го ранга В.П. Барановский, капитан 2-го ранга С.В. Земляниченко (с 30.6.41), капитан 1-го ранга В.П. Боголепов (с 24.7.41), контр-адмирал Б.В. Хорошкин (с 8.8.41), капитан 1-го ранга B.C. Чероков (с 13.10.41). В состав флотилии были переданы некоторые корабли КБФ, а также суда, полученные в порядке мобилизации. В связи с выходом неприятельских войск на побережье Ладожского озера флотилия оказывала артиллерийскую поддержку сухопутным войскам, высаживала десанты, обороняла острова, занималась грузоперевозками.
Чудская военная флотилия была создана 3 июля на базе дивизиона учебных кораблей Высшего военно-морского инженерного училища им. Ф.Э. Дзержинского. Командующий — капитан 1-го ранга Н.Ю. Авраамов. Поддерживая войска Красной Армии, она в течении июля — первой половины августа противодействовала переправам и десантам противника на Псковском и Чудском озерах и реке Нарове.
После оставления советскими войсками Гдова корабли флотилии перешли к р. Нарова и 13 августа были затоплены, а оставшийся личный состав прибыл в Ленинград.
28 июля была сформирована Ильменская флотилия из судов речного пароходства. Командующий — капитан 3-го ранга В.М. Древницкий. Ее корабли несли сторожевую службу с целью не допустить прорыва противника на новгородском и старорусском направлениях, участвовали в высадке тактических десантов. С 14 августа флотилия прикрывала артиллерийским огнем отход войск и эвакуацию населения из Новгорода, а затем действовала на р. Волхов. Выполнив свои задачи, корабли флотилии ушли в Ладожское озеро.
В начале августа была сформирована Онежская военная флотилия. Командующий — капитан 2-го ранга А.П. Дьяконов. Ее корабли оказывали артиллерийскую поддержку сухопутным войскам, перевозили войска и грузы. В сентябре 1941 г. флотилия препятствовала форсированию противником р. Свирь. С окончанием навигации в конце ноября Онежская флотилия была расформирована, а ее корабли переведены на Волгу.
Исходя из обстановки на сухопутном фронте, в начале июля решением ВС КБФ Кронштадтский укрепленный сектор для более эффективного управления береговой артиллерией был разделен на три совершенно самостоятельных укрепленных сектора: Лужский, Ижорский и Кронштадтский.
В составе Кронштадтского УС остались батареи, расположенные на острове Котлин и фортах, расположенных в заливе — 11-й (форт «П»), 12-й (форт «О»), 13-й (форт «Р»), 14-й (южные номерные форты) и 15-й (северные номерные форты) дивизионы. Комендант КУС — полковник Д.И. Терещенко.
В Ижорский УС отошли дивизионы, расположенные на южном берегу, — 31-й (Красная Горка) и 33-й (Серая Лошадь). Комендантом был назначен комбриг П.И. Лаковников, с сентября — генерал-майор Г.Т. Григорьев.
В Лужский ИУС передан 21-й дивизион. Командир сектора — генерал-майор Н.Ю. Денисевич.
Была усилена оборона Выборгского и Гогландского укрепленных секторов. Особое внимание обращалось на совершенствование противодесантной обороны на островах Гогланд, Большой Тютерс, Бьерке, Пийсари. В Гогландском укрепленном секторе береговая артиллерия пополнилась четырьмя батареями (15 орудий калибром 76 — 130 мм). Одна 76-мм и одна 130-мм батареи были установлены на острове Большой Тютерс, и две 130-мм батареи — на острове Лавснсари. Оборона острова Бьёрке была усилена двумя 45-мм, а острова Пийсари — одной 45-мм батареями.
10 июля противник начал наступление на Ленинград с юга и севера, развернулись бои на дальних подступах к городу.
Первыми из флотских подразделений вступили в бой с наступающим противником части самого западного, Лужского укрепленного сектора. К началу боев в его состав входили: 21-й отдельный артиллерийский дивизион (26 орудий калибром 45 — 152 мм), три железнодорожные батареи (№ 11, 12 и 18). 180 — 356-мм батареи были созданы для стрельбы по крупным морским целям и сильно укрепленным инженерным сооружениям противника, а пришлось стрелять по танковым колоннам, переправам и скоплениям войск и техники. Для железнодорожных батарей было построено несколько временных позиций. Орудийные транспортеры, отстрелявшись на одной позиции, сразу же уходили на другую. Это позволяло избегать вражеских ударов по батареям. В состав сектора входили также 2-я бригада морской пехоты, стрелковый и железнодорожный батальоны, а также гарнизоны островов Сескар и Лавенсари. ЛУС охватывал большой участок вдоль побережья Нарвского залива и Лужской губы. На территории сектора базировались основные части авиации флота