20 августа под натиском противника части 50-го СК начали планомерный отход, одновременно свертывались и эвакуировались подразделения береговой обороны. К 24 августа были эвакуированы части 32 ОАД и гарнизоны островов, расположенных в западной части Выборгского залива — Пуккионсари, Патио, Лайтсалми.
Береговые батареи, расположенные на островах Выборгского залива, корабли шхерного отряда и посланные им на помощь из Кронштадта эсминцы «Сильный» и «Стойкий» своим огнем прикрывали отход войск и отражали десанты противника. С 13 по 24 августа «Кама» обстреливала финские батареи на острове Мустамаа. Эсминцы «Сильный» и «Стойкий» 26 августа выполнили четыре стрельбы по полуострову Лиханиеми, израсходовав 658 снарядов, 27 августа они выполнили две стрельбы, выпустив по позициям противника 309 снарядов, при этом эсминцы были обстреляны с берега. 27 августа они обнаружили в районе Транзунда два транспорта противника, которые направлялись с десантом к Выборгу. Эсминцы обстреляли транспорты, выпустив 72 снаряда, но не смогли их остановить.
На Карельском перешейке наши войска, оказывая упорное сопротивление врагу, отходили на новые рубежи. 29 августа финские войска заняли Выборг, 31-го — Териоки. 1 сентября Военный совет Ленинградского фронта принял решение отвести войска 23-й армии на рубеж старой государственной границы 1939 г.
31 августа три дивизии 50-го СК пробились из района Выборга к Койвисто (Приморск). Командование фронтом приняло решение об их эвакуации. Для выполнения операции был сформирован специальный отряд кораблей и транспортов под командованием контр-адмирала Ю.А. Пантелеева. Эвакуацию прикрывал сводный морской полк. Всего за два дня 1 и 2 сентября в Ленинград было переброшено более 27 тысяч человек, 188 орудий, 950 автомашин, 2000 лошадей.
После эвакуации наших войск с северного побережья части Выборгского укрепленного сектора продолжали удерживать острова Бьёркскою архипелага: Бьерке, Тиуринсари, Пийсари. Их выгодное положение позволяло контролировать морские коммуникации и прибрежные фарватеры. Гарнизон островов был хорошо вооружен. Береговая артиллерия вела систематическую перестрелку с батареями противника на побережье и держала под огнем морской путь к Выборгу, не давая противнику возможности использовать его для перевозок. 16 — 21 сентября финны пытались высадить десанты, но все попытки были успешно отбиты.
В связи с приближением войск противника к Ленинграду разрабатывались планы использования кораблей в обороне города, что требовало больших подготовительных работ.
31 июля приказом НК ВМФ было начато формирование Управления начальника артиллерии Морской обороны Ленинграда и Озерного района. Командиром был назначен опытный артиллерист контр-адмирал И.И. Грен. В задачу Управления входили координация действий артиллерии флота и ее взаимодействия с частями Ленинградского фронта, организация контрбатарейной борьбы, выбор огневых позиций для кораблей и железнодорожной артиллерии, а также строительство новых батарей.
Управлением было выбрано и оборудовано до 30 открытых и закрытых якорных огневых позиций в Ленинградском порту, в Морском канале и Кронштадте и 10 для эсминцев и канонерских лодок в средней части Невы. На многоэтажных зданиях, подъемных кранах и других сооружениях были оборудованы наблюдательные посты, были сформированы подвижные корректировочные посты, оснащенные радиостанциями.
Были выполнены дноуглубительные работы с целью создания судоходного канала на Неве для кораблей, особенно в районе порогов. До выхода фашистов к Неве были закончены работы на Ивановских порогах и на других участках. Это позволило в дальнейшем подготовить огневые позиции для эсминцев и канонерских лодок в районе Ивановских порогов.
В середине августа корабли начали занимать позиции в Ленинградском морском порту. 14 августа на огневую позицию к Угольной стенке Ленинградского торгового порта был отбуксирован крейсер «Петропавловск» (капитан 1-го ранга Л.Г. Ванифатьев). В 1940 г. в Германии был куплен недостроенный тяжелый крейсер «Лютцов». В мае того же года он был прибуксирован в Ленинград и поставлен к стенке Балтийского завода для достройки. Вскоре корабль получил новое имя — «Петропавловск». 17 июля было принято решение использовать недостроенный тяжелый крейсер «Петропавловск» (готовность 70%) в качестве плавучей батареи. К этому времени на нем были смонтированы две башни главного калибра — четыре 203-мм орудия. 15 августа на нем подняли военно-морской флаг.
20 августа на позицию в Морском порту встал эсминец «Опытный» (капитан 2-го ранга Д.П. Шаников), 22-го позицию в ковше Морского канала занял линкор «Марат» (капитан 2-го ранга П.К. Иванов). 24 августа в Ленинград из Кронштадта перебазировался крейсер «Максим Горький» (капитан 1-го ранга Л.П. Петров). Пройдя по морскому каналу без буксиров, он ошвартовался у Хлебного мола Ленинградского торгового порта. Зенитная артиллерия кораблей была включена в систему противовоздушной обороны Ленинграда.