Новый командующий Ленинградским фронтом Г.К. Жуков поручил флоту перевезти две стрелковые дивизии и артиллерийский полк 8-й армии из Ораниенбаума в Ленинград в резерв фронта. Для выполнения этой операции были выделены 23 тральщика, сетевые заградители и самоходные баржи.
Перевозка 125-й и 268-й стрелковых дивизий и 47-го артиллерийского полка — всего около 16 000 человек, 48 орудий, 375 автомашин — была осуществлена в сжатые сроки (16 — 20 сентября) без потерь. Посадка войск и переходы судов осуществлялись под артиллерийским обстрелом противника.
Оставшиеся на «пятачке» части 8-й армии, Ижорского укрепленного сектора, 2-й и 5-й бригад морской пехоты и несколько батальонов курсантов и моряков при поддержке артиллерии флота продолжали прочно удерживать плацдарм в районе Ораниенбаума, ограниченный 60-километрововй дугой от Копорского залива до Петергофа «Пятачок» оттянул на себя и сковал в критический период битвы за Ленинград значительные силы врага. Его удержание имело исключительно важное значение в обороне города с моря и для развертывания сил флота. Отсюда впоследствии (в 1944 г.) началось наступление войск фронта и прорыв блокады Ленинграда.
С подходом вражеских войск в зону досягаемости береговой артиллерии вступили в бой батареи Кронштадтского укрепленного сектора. Трудно было на первых порах стрелять с разворотом пушек почти на 180 градусов. Бетонные орудийные дворики и погреба боеприпасов морских фортов, построенных еще конце XIX — начале XX в., предназначались для ведения боя в западном, морском направлении. Пришлось основательно поработать, чтобы обеспечить положенную скорострельность орудий.
Ожесточенные бои в районе Красногвардейска (Гатчины) продолжались с 9 по 18 сентября. Войска 42-й армии вынуждены были отойти на новый оборонительный рубеж Лигово — Пулково. Отход войск прикрывался железнодорожными батареями № 20, 21, 22, 23, 24 и двумя бронепоездами. Дальнобойной морской артиллерии, предназначенной для поражения удаленных целей, нередко приходилось вести огонь но ближним целям — танковым и пехотным колоннам, поражая их прямой наводкой.
6 сентября вступила в бой батарея «А», занимавшая позицию в районе Дудергофа, прикрывая передний край но Гатчинскому шоссе. Артиллеристы уничтожили до 20 танков и большое количество пехоты. 13 сентября немцы ворвались на огневую позицию. Моряки взорвали уцелевшие орудия и отошли.
4 сентября Ленинград впервые подвергся артиллерийскому обстрелу, а 8 сентября немецкая авиация совершила первый налет на город. Когда после 10 сентября германские войска вышли к Финскому заливу в районе Стрельны — Петергоф, под воздействие их артиллерии попал Морской канал — главная коммуникация между Кронштадтом и Ленинградом. 8 сентября немецкие войска завершили окружение Ленинграда.
В начале сентября обстановка вокруг Ленинграда сложилась настолько критической, что руководители его обороной не исключали возможность сдачи города. Был подготовлен план уничтожения всех важных объектов города — заводов, вокзалов, мостов, телеграфа и т.д. Корабли Балтийского флота также подлежали уничтожению.
Нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов вспоминал: «Сталин считал положение Ленинграда исключительно серьезным. И, прохаживаясь по кабинету, опять задал мне несколько вопросов о составе Балтийского флота.
— Ни один боевой корабль не должен попасть в руки противника, — сказал он.
<…>
— Составьте телеграмму командующему и отдайте приказание, чтобы все было подготовлено на случай уничтожения кораблей» (Н.Г. Кузнецов. На флотах боевая тревога С. 78).
Был разработан план уничтожения кораблей и судов, которые должны были своими корпусами перегородить подходной фарватер к Кронштадту, его рейды, ворота его гаваней, Морской канал, Ленинградский морской порт, акваторию Невы и притоков.
Этот план был утвержден 13 сентября директивой Ставки ВГК, отправленной за подписью Б. Шапошникова и Н. Кузнецова Военному совету Ленинградского фронта.
На основе директивы была составлена «Таблица по распределению корабельного состава по закупорке гаваней, фарватеров и рейдов». Согласно ей, на подходах к Кронштадту с запада предполагалось затопить две группы кораблей: эсминцы «Стойкий» и «Сильный» у банки Олег (западная оконечность Котлина), крейсер «Киров», эсминцы «Сметливый» и «Стерегущий» — на входе на Большой Кронштадтский рейд. Линкор «Октябрьская Революция», базовые тральщики и транспорты должны были перегородить проход между Котлином и Кроншлотом. В самом Кронштадте заградитель «Марти» топился поперек Лесных ворот (вход в Среднюю гавань), «Урал» — Западных (вход в Купеческую гавань), плавбаза «Иртыш» — Военно-почтовых ворот (вход в Купеческую гавань), учебный корабль «Курсант» и транспорт «Леваневский» — Ряжевых.