Предоставляя на совещании слово генералу Корнилову, Керенский назвал его «первым солдатом Временного правительства». Но генерала такая роль не устраивала. Стремясь к единоличной диктатуре, он потребовал восстановить в армии дисциплину, поднять престиж офицеров, ввести смертную казнь не только на фронте, но и в тылу. В противном случае он угрожал сдачей немцам Риги, что открывало им дорогу на Петроград.
Однако Государственное совещание не удовлетворило претензий ни Керенского, ни Корнилова. Керенский из доверия вышел. К Корнилову доверия не было. Объявить военную диктатуру его сторонникам не позволила напряженная революционная обстановка в Москве, опасность гнева московского пролетариата и солдат гарнизона.
После совещания Корнилов предпринял попытку подавить революцию силой. На Петроград он направил конный корпус генерала Крымова. Сопротивление корниловцам было оказано прежде всего отрядами большевистской Красной гвардии, велика была и роль большевистских агитаторов. 30 августа Корнилов был отстранен от руководства армией. Пост верховного главнокомандующего принял на себя министр-председатель Керенский, начальником штаба при нем стал генерал Алексеев, занимавший эту же должность и до Февральской революции. Официально было объявлено, что государство возглавила директория, или «совет пяти», во главе с Керенским.
Керенский и выдвигающие его мелкобуржуазные партии к этому времени окончательно лишились поддержки революционных масс. Все большее влияние в Советах завоевывали большевики. Призыв «Вся власть Советам!» вновь стал главным большевистским лозунгом. Временное правительство оказалось несостоятельно, однако уступать власти никому не хотело. Но часы истории неумолимо отсчитывали его последние минуты. 25 октября над Невой раскатился грохот шестидюймового орудия «Авроры»…
Бехтерев воспринял Октябрь как естественное продолжение предшествующих событий. Сразу после Октябрьской революции он активно включился в работу по созданию здравоохранения в молодой Советской Республике и развитию в ней медицинской науки. Уже к началу 1918 года Бехтерев участвовал в деятельности научно-медицинского отдела Комиссариата народного просвещения, возглавляемого А. В. Луначарским.
Советскую власть поддержало и большинство сотрудников Психоневрологического института. Многие бывшие студенты и студентки этого института защищали ее с оружием в руках на многочисленных фронтах разгоревшейся вскоре гражданской войны. Среди них были дочь одного из профессоров института, будущий комиссар Балтфлота Лариса Рейснер, красный военачальник Иона Якир и многие другие впоследствии прославившиеся борцы за Советскую власть.
Однако значительная часть интеллигенции, и в частности врачей, после Октябрьской революции оказалась в стане ее противников. Руководство Всероссийского общества врачей имени Пирогова призывало объявить бойкот большевикам, обвиняя их в насильственном захвате власти. Медико-санитарный отдел ВЦИК Совета рабочих и солдатских депутатов первого созыва, состоявший из меньшевиков и эсеров, на следующий день после взятия революционным народом Зимнего дворца объявил саботаж под лозунгом: «С насильниками ничего общего!» Были случаи, когда в медицинских учреждениях Петрограда раненым красногвардейцам отказывалось в медицинской помощи.
Уже 26 октября при Военно-революционном комитете был создан медико-санитарный отдел, возглавляемый врачом-коммунистом М. И. Барсуковым. Вскоре сотрудники этого отдела встретились с В. И. Лениным, который предложил им собрать революционно настроенных врачей, расколоть Пироговское общество и привлечь к строительству советского здравоохранения его революционное меньшинство, создав таким образом при Советах большевистские медико-санитарные отделы с широким участием рабочих и крестьян.