Бехтерев высказал удивление стремлению подозревать какие-то подвохи и недобросовестность со стороны организаторов первого в Европе института по изучению алкоголизма. Он доказывал, что «на борьбу с алкоголизмом надо выходить не с голыми руками, не с проповедью, а во всеоружии», говорил, что институт является и лечебным учреждением, амбулаторию которого уже более полугода посещали сотни больных, желающих излечиться от тяжкого недуга. Заканчивая выступление, он отметил, что в обсуждении «Записки» на Совете Психоневрологического института ему участия принять не удалось, и признал неудачность некоторых формулировок в ее тексте. Малоприятная эта история тянулась еще несколько месяцев. В конце концов она завершилась, как и следовало ожидать, установлением непреложной истины: разумеется, ни Экспериментально-клинический институт, ни кто-либо из его сотрудников потворствовать алкоголизму не намеревался. Был и положительный момент во всей этой дискуссии: она показала, что изложение научных истин требует четкости и строгости в формулировках.
Еще больше, чем споры вокруг Экспериментально-клинического института, внимание общественности столицы в 1912 году занимали студенческие волнения.
Еще в январе 1912 года «учебную забастовку» объявили студентки Женского медицинского института. Причиной забастовки стало назначение министерством просвещения нескольких профессоров и преподавателей вопреки никем не отмененному закону о выборности преподавателей высших учебных заведений, принятому в 1906 году. Ректор института С. С. Салазкин отказался принимать против студенток какие-либо карательные меры, считая их протест справедливым. Тогда министр просвещения Кассо предложил ему подать в отставку. Это вызвало новую волну возмущения со стороны студенток и преподавателей. В результате по распоряжению Кассо из института были исключены 1237 человек. Занятия в институте возобновились лишь к осени, после того как под давлением общественности 1220 студенток вернулись в его стены. Во время забастовки Бехтерев вместе с большинством членов Совета этого института отстаивал права и интересы бастующей молодежи.
Осенью 1912 года обострилась обстановка в Военно-медицинской академии. 25 сентября военный министр В. А. Сухомлинов издал приказ об отдаче студентами академии воинской чести всем офицерам. В тот же день в трамвае возник конфликт между студентом академии и каким-то бравым поручиком. 27 сентября студенческая сходка постановила «не подчиняться приказу об отдании чести, хотя бы это грозило репрессиями, впредь до изменения порядка отдания чести в более соответствующем студентам академии смысле». В эти дни Наталья Петровна Бехтерева писала сыну Владимиру: «Дорогой Воля, папа так много работает, что я серьезно боюсь за его здоровье. Ложится он ежедневно в четыре утра и встает в десять. Из-за Алкогольного института идет до сих пор словесная печатная война, что отнимает у палы много энергии и времени… Третьего дня был издан приказ по академии, что все студенты, как и нижние чины, должны отдавать честь офицерам
[5]. Это вызвало целую бурю среди студентов с объявлением трехдневной забастовки. Начальник академии Вельяминов был освистан студентами, которых он выстроил во фрунт…»Вскоре в петербургской газете «Биржевые ведомости» появилось интервью «с одним видным генералом», который заверял, что приказ об отдаче студентами Военно-медицинской академии чести офицерам издан будто бы по ходатайству профессоров и преподавателей академии. Эта газетная публикация большинством педагогов академии была воспринята как оскорбительная для них неуклюжая попытка Сухомлинова переложить на их плечи спровоцированную им самим конфликтную ситуацию. По предложению Бехтерева статья была обсуждена и осуждена Конференцией академии. Специально избранной при этом комиссии во главе с Бехтеревым было поручено составить от имени Конференции опровержение и направить его в ту же газету. Когда опровержение появилось в печати, Сухомлинов стал выяснять, кем оно составлено. Ученый секретарь академии профессор А. И. Моисеев перечислил военно-санитарному инспектору Евдокимову состав комиссии. Бехтерев, узнав об этом, сказал Моисееву: «Хорошенькое дело! Вы все испортили: ведь ответ был мнением всей Конференции. А так, видите ли, частное мнение отдельных лиц. Эх Вы!»
Вскоре между профессорами Военно-медицинской академии и военным министром возник новый конфликт. Сухомлинов, уделяя мало внимания повышению боеготовности армии, весьма заботился об ее внешнем виде, особенно на парадах, в связи с чем вводил новую форму — и не только в строевых частях, но и в военных учебных заведениях и вспомогательных службах военного ведомства. Делалось это, как говорила молва, в угоду коммерсантам — поставщикам обмундирования. Конференция высказалась против изменения формы студентов. Бехтерев, разумеется, вновь оказался в числе «протестантов». Его отношения с военным министром испортились вконец, и можно было ожидать любого подвоха со стороны злопамятного Сухомлинова.