Балтийский флот на протяжении всей войны активно содействовал сухопутным войскам в борьбе с противником. Его роль особенно возросла после Полтавской битвы, когда военные действия целиком были перенесены в Прибалтику. Моряки Балтийского флота принимали участие в боевых действиях на суше: осаде и штурме неприятельских крепостей, десантах, обороне своего побережья. В Полтавской битве рука об руку с воинами сухопутных войск сражались со шведами балтийские моряки Наум Сенявин и Федосей Скляев (выдающийся русский кораблестроитель).
Таким образом, победа России в Северной войне стала возможной в результате совместных усилий армии и флота. Недаром Петр I в предисловии к Морскому уставу 1720 г. писал: "Всякий патентант, который едино войско сухопутное имеет, одну руку имеет, а который и флот имеет, обе руки имеет!" К сожалению, этот важнейший принцип военного искусства на протяжении 300-летней истории Российского флота главами государств не всегда соблюдался.
В дальнейшем в течение XVIII и XIX веков БФ вел борьбу за удержание господства на Балтийском море и содействовал выходу России к Черному морю.
В Семилетней войне 1756–1763 гг. корабли и суда БФ участвовали во взятии Мемеля (Клайпеда) и Кольберга (Колобжег).
Во время русско-турецких войн второй половины XVIII — начала XIX века балтийские эскадры Г. Спиридова, Д. Сенявина, С. Грейга действовали на Средиземном море, в том числе в Греческом архипелаге, и одержали крупные победы над турецким флотом в Чесменском (1770), Афонском (1807) и Наваринском (1827) сражениях.
В русско-шведской войне 1788–1790 гг. Балтийский флот отразил нападение шведских эскадр, стремившихся захватить Кронштадт и Санкт-Петербург, одержал победы в сражениях при Гогланде (1788), Роченсальме (1789), Ревеле (1790) и Выборге (1790).
Во время Крымской войны 1854–1856 гг. попытки англо-французского флота, укомплектованного в основном паровыми кораблями, уничтожить Балтийский флот, захватить Кронштадт, Свеаборг, Гельсингфорс и блокировать Санкт-Петербург были сорваны. Балтийцы впервые в истории применили минные заграждения для защиты подходов с моря к Кронштадту, Ревелю и Свеаборгу, где было поставлено свыше тысячи гальванических и ударных мин.
В течение двух кампаний попытки англо-французского флота приблизиться к русским укреплениям из-за огня береговых батарей и корабельной артиллерии закончились провалом.
Крымская война заняла важное место в истории развития военного и военно-морского искусства. В ней впервые русские моряки использовали минное оружие, созданное на Балтийском флоте. Появление этого оружия внесло принципиальные изменения в военное кораблестроение, вызвало необходимость создания специальных средств борьбы с минной опасностью на море.
В ходе войны стало очевидным, что гладкоствольная артиллерия должна уступить место нарезной. И наконец, война показала бесспорное превосходство паровых кораблей над парусными и дала новый толчок развитию парового броненосного флота.
С 1861 г. Россия развернула строительство парового броненосного флота. К концу XIX века Балтийский флот имел 19 броненосцев, 4 броненосца береговой обороны, 4 броненосных крейсера и 39 миноносцев.
Ученик адмирала М. Лазарева, сподвижник адмиралов П. Нахимова и В. Корнилова, Г. Бутаков возродил на Балтийском флоте лучшие традиции русских моряков. Иностранные адмиралы и морские офицеры ездили в Россию на броненосную эскадру Балтийского флота учиться приемам и методам боевой подготовки, искусству ведения морского боя. Здесь, на эскадре, впервые был использован пластырь для обеспечения непотопляемости судов и установлены на кораблях радиотелеграфные аппараты.
Корабли Балтийского флота в XIX веке совершали кругосветные и дальние плавания. Выдающихся успехов добились научные экспедиции И. Крузенштерна и Ю. Лисянского, Ф. Беллинсгаузена и М. Лазарева, Ф. Литке, Г. Невельского и других.
Во время Русско-японской войны из состава Балтийского флота была сформирована 2-я Тихоокеанская эскадра, совершившая сложнейший переход в 18 тыс. миль. Эскадра героически сражалась 14–15 мая 1905 г. при Цусиме, имея в своем составе 38 кораблей и судов (11 броненосцев, 9 крейсеров, 9 миноносцев, 8 транспортов и госпитальных судов и 1 вспомогательный крейсер), против 27 японских броненосцев и крейсеров. Потеряв в бою 21 корабль из 38 и более 5 тыс. матросов и офицеров, посланных на Дальний Восток, эскадра была разгромлена.
Основные причины поражения — низкая тактическая подготовка эскадры и неумение ее командующего вице-адмирала
З. Рожественского организовать бой и управлять силами в морском сражении, а также слабая огневая мощь и низкий технический уровень кораблей. Беспредельное мужество, героизм и самопожертвование были проявлены офицерами и матросами кораблей в этом проигранном сражении.