Менее, чем через год после приезда в Феррару, Рене жаловалась своей французской родне, что её муж и свёкор питают к ней «некоторую неприязнь». Сначала Альфонсо I радушно принял невестку, но после того, как она проявила пренебрежение к его сожительнице Лауре Дианти, отношения между ними испортились. Герцог вступил в связь с этой женщиной после смерти своей второй жены Лукреции Борджиа. По одним свидетельствам, она была куртизанкой, а по другим — дочерью шляпника, которую Альфонсо однажды увидел во время карнавала, когда проходил мимо её дома. Сразу влюбившись в девушку и «желая окончательно избавиться от сифилиса», подхваченного от куртизанок, герцог пообещал её отцу, что женится на ней. После чего подарил Лауре дворянский титул, земли и дворец делла Роза. Возможно, они действительно обвенчались, хотя об этом не было объявлено официально и документов, подтверждающих их брак, не сохранилось. Вместе со своими детьми, которых её сожитель узаконил, Лаура жила в собственном дворце, отдельно от семьи Эсте. Тем не менее, её появление вместе с герцогом на придворных торжествах, по-видимому, задевало добродетельную Рене.
Одновременно между принцессой и её мужем постепенно зрело взаимное недовольство. В одном из своих писем Рене утверждала, что с ней плохо обращаются. В свой черёд, Эрколе жаловался на огромную французскую свиту своей жены (126 человек), в которую входило множество людей, «непригодных для выполнения возложенных на них обязанностей». А ведь она обходилась Рене в 50 000 турских ливров в год! Значительная часть её личного дохода также шла на помощь французским беглецам, случайно проезжавшим через город, что её муж называл «чрезмерными и непродуманными расходами», тем более, что доходы от её владений во Франции выплачивались очень нерегулярно.
Хотя М. Бересфорд Райли в своей книге «Королевы Возрождения» считает главной причиной ссор между супругами несходство их характеров:
— Эрколе и Рене были двумя личностями, которым никогда не следовало встречаться. Оба были способны на приятные отношения с другими людьми, но между ними существовала инстинктивная и непреодолимая антипатия…
Принцессе легче было найти общий язык со свёкром. Альфонсо I удалось получить от императора инвеституру (право владения) на герцогство Феррарское. Он узнал об этом 3 мая 1531 года. В тот момент герцог стоял у заброшенной церкви Святого Варнавы, которая ранее была отдана его отцом, Эрколе I, братству Святого Франциска Паолийского. С искренней благодарностью Альфонсо приказал восстановить церковь вместе с монастырём Санта Кроче, к которому присоединил богатый земельный надел и передал всё это вышеупомянутому ордену.
Когда свёкор лично сообщил Рене об указе императора, она разделила его радость и немедленно подарила братству Святого Франциска Паолийского пояс их прославленного основателя, реликвию, которую она, несомненно, унаследовала от своей матери и привезла с собой. Франциск из Паолы был духовным советником королевы Анны Бретонской, которая основала для него монастырь в Лионе, уступила ему свой собственный особняк близ Шайо, а затем построила дом для монахов его ордена недалеко от Парижа.
16 ноября 1531 года Рене родила своего первого ребёнка, но, хотя это была дочь, старый герцог счёл это благоприятным знаком. Альфонсо I попросил папу Климента VII стать крёстным отцом новорожденной принцессы. Святой отец выбрал в качестве своего доверенного лица кардинала Ипполито де Медичи, который, со своей стороны, также выбрал заместителя в лице Франческо Гвиччардини, историка и губернатора Болоньи в то время. Священный обряд был совершён в Ферраре с большой пышностью и младенцу дали имя Анна в память о её бабушке по материнской линии.