Фанерозойский осадочный чехол развит поверх докембрийского фундамента главным образом в западной и центральных частях Северной А. (Сахарская плита), в крупных впадинах Экваториальной и Южной А. (Конго, Окаванго, Калахари, Карру), в Мозамбикском прогибе восточного побережья и между материком и о. Мадагаскар, а также в полосе Атлантического побережья от Мавритании до Анголы. Морские ранне- и среднепалеозойские собранные в складки отложения распространены в основном в области Сахарской плиты, где они вмещают крупные залежи нефти и газа (Алжир, Ливия), а также в Атласской и Капской геосинклиналях. Образования верхнего палеозоя и триаса почти везде континентальные; в Экваториальной и Южной А. они начинаются ледниковыми отложениями (верхов карбона — низов перми) — свидетелями покровного оледенения значительной части континента — и продолжаются нижнепермскими угленосными отложениями, с которыми связаны основные угольные ресурсы А. (ЮАР, Юж. Родезия и др.). В Северной А. угленосным является средний карбон, выше которого распространены красноцветные континент, и лагунные осадки (в триасе с крупными толщами солей и гипсов).
К началу юры относятся мощные вулканические излияния и внедрения основной (базальтовой) магмы, наиболее распространённые в Южной А., но встречающиеся и на З. Северной А. В течение юры и раннего мела большая часть А. испытывала поднятие; во внутренних впадинах накапливались континентальные отложения; в конце юры — начале мела происходило внедрение щелочных гранитов и карбонатитов с месторождениями редких элементов (ниобий, тантал и др.), а также образование кимберлитовых трубок, с которыми связаны месторождения алмазов — коренные и переотложенные в более молодых осадках и россыпях (ЮАР, Ангола, Демократич. Республика Конго, страны северного побережья Гвинейского залива). К этому же времени (конец юры — начало мела) относится оформление современных контуров А., связанное с опусканием по разрывам дна Индийского и Атлантического океанов и образованием системы периокеанических прогибов, содержащих значительные залежи нефти и газа (Нигерия, Габон, Ангола и др.). Мадагаскар отделился от континента в конце палеозоя. В это же время происходит интенсивное погружение современного побережья Туниса, Ливии с образованием залежей нефти в меловых и эоценовых отложениях. В середине и конце мела значительная трансгрессия охватила Сахарскую плиту: возникли морские проливы, связавшие Средиземное море с Гвинейским заливом и просуществовавшие до середины эоцена.
С конца эоцена — начала олигоцена А. (главным образом восточные и южные районы) испытала интенсивное поднятие, сопровождавшееся образованием горного рельефа, возникновением
В конце миоцена возникло складчатое сооружение гор Атласа; в плиоцене его центральная часть опустилась по разломам в Альборанскую впадину Средиземного моря.
А. обладает крупными запасами железных руд (общие запасы оцениваются приблизительно 16—23 млрд.