Труды анатомов подготовили великое
открытие 17 в. — учение У. Гарвея о кровообращении (1628) — образец физиологического исследования на основе количественных измерений и применения законов гидравлики в соответствии с нарождающимся механическим направлением в медицине. Виднейшими представителями ятромеханики были итальянские учёные С. Санторио, пытавшийся на себе проверить количественную сторону обмена веществ в теле человека (1614), и Дж. Борелли, стремившийся объяснить законами механики все формы движения животных (1680), в том числе мышечное сокращение и пищеварение. Эти объяснения наталкивались на непреодолимые трудности и находились в оппозиции к ятрохимическому направлению (см. С созданием микроскопа (17 в.) возможности изучения живых существ расширились и углубились. Плеяда блестящих микроскопистов открывает клеточное и волокнистое строение растений (английский учёный Р. Гук, 1665; итальянский — М. Мальпиги,1675—79; английский — Н. Грю, 1671—82), мир микроскопических существ, эритроциты и сперматозоиды (голландский — А. Левенгук, 1673 и позже), изучает строение и развитие насекомых (Мальпиги, 1669; голландский — Я. Сваммердам, 1669 и позже), движение крови в капиллярах (Мальпиги, 1661), обнаруживает яйца у рыб и фолликулы в яичниках млекопитающих, принимаемые за яйца (датский — Н. Стено, 1667; голландский — Р. де Грааф, 1672), устанавливает половые различия у растений (английский — Т. Миллингтон, 1676; немецкий — Р. Камерариус, 1694). Эти открытия привели к возникновению двух ошибочных направлений в эмбриологии — овистов и анималькулистов (сперматистов), отрицавших участие одного из полов в оплодотворении. Обе точки зрения сходились на том, что истинного развития в действительности не происходит, но, по одной, в яйце, по другой, в сперматозоиде заключён готовый миниатюрный зародыш будущего организма (см.
Искусственные системы растений попытались построить английский учёный Дж. Рей, описавший в своей «Истории растений» (1686—1704) свыше 18 тыс. растений, сгруппированных в 19 классов, и французский — Ж. Турнефор, распределивший их по 22 классам (1700). Рей определил понятие «вид» и, использовав труды английского учёного Ф. Уиллоби, дал классификацию позвоночных, основанную на анатомо-физиологических признаках (1693).