Подлинное научное подтверждение идея развития организмов нашла в эмбриологических исследованиях русских академиков Х. И. Пандера (1817) и К. М. Бэра (1827) о зародышевых листках, в обосновании Бэром принципов сравнительной эмбриологии (1828—37) и в создании немецким биологом Т. Шванном (1839) единой для всего органического мира клеточной теории
. Учение о единстве клеточного строения всех живых существ сыграло огромную роль в развитии гистологии, эмбриологии и клеточной физиологии. На его основе простейшиебыли признаны одноклеточными организмами (немецкий учёный К. Зибольд, 1848); немецкий учёный А. Кёлликер (1844), русский — Н. А. Варнек (1850) и особенно немецкий — Р. Ремак (1851—55) разработали целлюлярную эмбриологию; немецкий патолог Р. Вирхов создал «целлюлярную патологию» и провозгласил принцип «всякая клетка от клетки» (1858); немецкие учёные М. Шульце и Э. Брюкке выдвинули (1861) понятие о клетке как «элементарном организме», основными частями которого являются протоплазма и ядро. Большие успехи были достигнуты в середине 19 в. в области физиологической химии, главным образом благодаря трудам немецкого учёного Ю.Либиха и французского — Ж. Б. Буссенго, которые установили особенности питания растений и его отличие от питания животных, сформулировав принцип круговорота веществ
в природе. Либих разделил все вещества, входящие в состав живых существ, на белки, жиры и углеводы, выяснил многие химические процессы обмена веществ, в том числе образование жиров из углеводов. Немецкий учёный Ф. Вёлер впервые синтезировал органические вещества — щавелевую кислоту (1824) и мочевину (1828); однако и он и Либих допускали наличие некоей «жизненной силы» как причины жизненных явлений. Необходимость этого допущения разделяли и такие крупные физиологи того времени, как немецкий — И. Мюллер и некоторые др. Полностью отказались от него лишь французский физиолог К. Бернар и немецкий — К. Людвиг, Э. Дюбуа-Реймон и Г. Гельмгольц. Бернар выяснил роль секретов различных желёз в пищеварении (1843, 1847), доказал синтез гликогена в печени (1848), обосновал понятие «внутренней среды» организма и сформулировал основные принципы экспериментальной физиологиии медицины. Людвиг, Дюбуа-Реймон и Гельмгольц разработали основные физиологические методы исследования нервно-мышечной системы и органов чувств. В России достойным их преемником явился И. М. Сеченов, установивший торможение спинномозговых рефлексов центрами головного мозга (1863) и заложивший основы материалистического понимания высшей нервной деятельности («Рефлексы головного мозга»). Работы французского учёного Л.Пастера (раскрытие роли микроорганизмов в процессах брожения, 1857—64), имевшие выдающееся значение для пищевой промышленности, сельского хозяйства и др., позволили окончательно опровергнуть учение о самозарождении организмов (1860—64). В дальнейшем он показал роль микроорганизмов в инфекционных заболеваниях животных и человека, разработал меры борьбы против бешенства и сибирской язвы с помощью защитных прививок (см. Иммунитет
). Природу процессов брожения, вызывавшую споры между сторонниками физико-химического (Либих) и микробиологического (Пастер) её объяснения, окончательно раскрыл немецкий учёный Э. Бухнер, выделив из дрожжевых грибов фермент зимазу (1897). Этим было положено начало новой науке — энзимологии (см. Ферменты). Русский врач Н.И. Лунин доказал (1881) наличие в пищевых продуктах витаминов, позже названных так польским учёным К. Функом (1912). В конце 19 в. были достигнуты первые успехи в изучении химии белков и нуклеиновых кислот (немецкие биохимики Ф. Мишер, Э. Фишер, Э. Абдергальдени др.). Принципиальное значение для установления круговорота азота, серы и железа в природе имело обнаружение русским микробиологом С. Н. Виноградским (1887—91) бактерий, способных образовывать путём хемосинтеза (открытого Виноградским) органические вещества из неорганических. Основоположник вирусологии Д. И. Ивановский открыл новую форму организации живого — вирусы (1892).