Когда монах узнает, что все это затевается в ущерб королю Франции, которому остался верен, то возобновляет свой бунт. Обойдя каноническую цензуру, он снова поднимается на кафедру 11 февраля 1498 года, чтобы начать решающую битву. Под сводами собора он торжественно заклинает Иисуса Христа сделать выбор между ним и понтификом. Большинство флорентийской сеньории поддерживает своего предсказателя и не принимает условия, навязанные Римом. Савонарола подбодряет своих сограждан. «В римских бреве меня называют „сын погибели“! О сеньоры, ответьте на это: „Тот, кого вы так называете, не содержит ни мальчиков, ни сожительниц, а только проповедует учение Христа, которое вы усердно искажаете!“» С высоты кафедры собора Сан-Марко он продолжает свои нападения перед многочисленной толпой, в которой находится Никколо Макиавелли, пришедший сюда из любопытства и весьма скептически настроенный к исходу борьбы, затеянной с папой Борджиа. Действительно, в Риме перед консисторией Александр приказывает проповеднику Мариано де Генаццано составить обвинительную речь, в которой Савонаролу называют «великим евреем-пропойцей». Он диктует бреве, в котором налагается запрет на Флоренцию. Узнав об этом, Савонарола обращается с призывом ко всем государям Европы собраться на совет, чтобы низложить недостойного понтифика. Ответ не замедлил себя ждать. Александр тут же приводит свое бреве в исполнение. 17 марта он торжественно провозглашает интердикт. Затем приказывает арестовать живущих в Риме флорентийских купцов и захватить их товар. Все сделано очень ловко: это вызывает перемену в настроении деловых людей Флоренции. Внутри самой Синьории большинство получают противники монаха. Начинаются ссоры между францисканцами и доминиканцами. Первые становятся на сторону папы Борджиа. 25 марта брат Франческо ди Пулья заявляет, что он готов к испытанию огнем для того, чтобы показать, что Бог осуждает суровое учение Савонаролы. Доминиканец Доменико де Песка принимает вызов. Враги монаха — «разъяренные» — прекрасно понимают, что этот спор дает им великолепную возможность избавиться от брата Джироламо.
Теперь большинство Синьории враждебно настроено по отношению к приору Сан-Марко и соглашаются, чтобы был организован «божий суд» через испытание огнем. Ордалия должна состояться 7 апреля. Оба участника — брат Доменико, представляющий Савонаролу, и брат Джулиано Рондинелли от францисканцев, должны подняться на возвышение длиной 50 локтей и шириной 10 локтей, возведенное на площади Синьории. Вязанки сухих дров, пропитанные маслом, смолой и обсыпанные пушечным порохом, лежат по обе стороны центрального прохода шириной в один локоть. Оба монаха должны одновременно войти в этот коридор с противоположных концов после того, как подожгут дрова. Споры из-за деталей процедуры задерживают ее начало. В тот момент, когда дрова наконец охватило огнем, само провидение посылает дождь, помешавший осуществить эту варварскую церемонию. Вместе со своими монахами Савонарола удаляется в Сан-Марко. На следующий день, 8 апреля, в Вербное Воскресенье, разъяренные штурмуют монастырь. Синьория закрывает на это глаза. Она приказывает арестовать Савонаролу за подстрекательство к бунту. Брат Доменико и брат Сильвестр, бывший доверенным лицом приора, посажены с ним в карцер, допрошены и подвергнуты пыткам. На дыбе у Савонаролы разрываются мышцы. Сломана его левая рука. Он подписывает то, что от него требуют. Папа не возражает против этой процедуры, хотя каноническое право запрещает применять ее к священнослужителям без папского разрешения. Больше того, 12 апреля Святой отец направляет флорентийцам поздравительную буллу с полным отпущением грехов. Только что стало известно о смерти Карла VIII, долгое время покровительствовавшего монаху. Теперь папа имеет возможность в полной мере отомстить доминиканцу. Он требует, чтобы после гражданского суда Савонарола был подвергнут суду церковному, на котором Святой престол будет представлять глава ордена доминиканцев Джоваккино Турриано и губернатор Рима, испанец Франсиско Ремолинес, сведущий в юридических уловках.
20 мая эти новые судьи начинают допросы, подвергая монаха другим наказаниям по приказу их повелителя: они хотят знать имена кардиналов и сановников, побудивших его просить европейских государей о низложении Александра VI. Ничего не добившись, они принуждают монаха отказаться от своих пророчеств. Всем вынесен одинаковый приговор: лишены церковного сана и переданы как еретики и раскольники гражданским властям, уже приговорившим их к смерти.