Умирая от скуки в монастыре Сан-Систо, Лукреция ожидала решения о своем разводе. После убийства Хуана, когда папа предавался покаянию, он перестал писать своей дочери нежные письма. Но, вернувшись к прежнему образу жизни, сразу же начал усиленно интересоваться всем, что касалось Лукреции. Во время переговоров с Джованни Сфорца было необходимо поддерживать постоянную связь с монастырем Сан-Систо. Почтальоном стал испанский камергер, пользовавшийся полным доверием папы, — Педро Кальдес, или Кальдерон, называемый еще Перотто. Он почти ежедневно приходил в монастырь и очень быстро завоевал доверие, став другом семнадцатилетней молодой женщины, страдавшей без мужской компании. Эти дружеские отношения между двумя молодыми людьми обернулись драмой, которую можно восстановить с большой долей вероятности.
В цветущих садах и апартаментах для почетных гостей монастыря Лукреция чувствует себя свободной как никогда. Вдали от постоянной опеки своего отца Лукреция может отдаваться порывам своей натуры, веселой и сладострастной как у всех Борджиа. Юный Перотто этим пользуется. Благодаря своему очарованию он сумел заставить Лукрецию забыть о той опасной ситуации, в которой она оказалась. Ведь она всего лишь заложница честолюбивых устремлений семьи. Перотто убеждает молодую женщину воспользоваться временной свободой. Но молодые люди весьма неосторожны: Лукреция забеременела. Пока еще удается скрывать тайну под просторными одеждами. Ей помогает ее камеристка Пентасилея — эту молодую женщину приставил к ней папа, — бывшая, как говорят, одной из его любовниц. Но на шестом месяце беременности Лукреции приходится вынести тяжелое испытание: 22 декабря 1497 года она должна присутствовать на церемонии расторжения ее брака с графом де Пезаро.
В этот день толпа любопытных заполонила Ватикан. Послы и прелаты пристально разглядывают дочь Александра VI, которая предстала перед каноническими судьями. Ей зачитывают приговор, объявляющий ее «нетронутой», то есть девственницей, по свидетельству Джованни Сфорца, что она сама подтверждает. Лукреция улыбается и благодарит на латыни, что вызывает всеобщее восхищение. Миланский проповедник Стефано Таверно считает, что она изъясняется «с таким изяществом и приветливостью, что если бы она была каким-нибудь Туллием Цицероном, то не могла бы говорить с большей изысканностью и утонченностью». Возможно, текст продиктовал ей брат Чезаре, который с этого момента берет в свои руки судьбу сестры.
Едва объявлено о разводе, как тут же становятся известны претенденты. Это Франческо Орсини, герцог де Гравина, стремящийся сблизить две семьи: свою и Борджиа; Оттавиано Риарио, потомок папы Сикста IV и Сфорца по линии своей матери Катарины, графини Форли; Антонелло Сан-Северино, сын принца Салерно, неаполитанского барона, дружественного королю Франции.
Союз Лукреции с неаполитанцем, более чем какой-либо другой, выгоден для кардинала Валенсийского: все знают о его видах на королевство Неаполитанское. Известно, что он собирается отказаться от кардинальского сана и жениться на неаполитанской принцессе. Речь идет о том, что он вступит в брак с Санчией Арагонской, которую Джофре оставит в обмен на кардинальскую шапку: но Санчия — всего лишь внебрачная дочь, а Чезаре явно предпочитает законную дочь короля Фредерика — Карлотту, воспитывавшуюся во Франции при дворе королевы Анны Бретонской. Если бы мужем Лукреции стал принц неаполитанского двора, это могло бы облегчить брак ее брата. Когда Чезаре был в Неаполе, он познакомился с братом Санчии и оценил его. Альфонс Арагонский считался одним из самых красивых принцев своего времени, был известен любезными манерами и мягким характером. Чезаре выбирает его для своей сестры. Начинаются переговоры: король Неаполя предлагает присвоить ему титул герцога де Бисельи и передать ему значительные доходы. Лукреция получила бы в приданое 40 000 дукатов — это больше, чем то, что ей пришлось оставить своему бывшему мужу, и римский дворец Санта-Мария-ин-Портику.