«Сказывал си он же Царевич о возмущении, что будто в Мекленбургии в войске бунт, и то будто он слышал из курантных ведомостей, а по том ей же сказывал, уже де бунт в городах близко Москвы, и то из писем прямых, а от кого не сказал, и радовался тому, и говаривал, вот же Бог делает свое. А про побеге де Царевичев ведали, что он же си сказывал, четверо, в том числе, и Царевна Марья Алексеевна [еще Кикин, Афанасьев и Дубровский. —
На очной ставке Ефросинья повторила свои показания, а царевич поначалу «запирался» (возражал), но затем во многом сознался. Обнаруженные факты стали предметом судебного рассмотрения. 13 (24) июня 1718 года царь объявил духовенству и светским чинам о передаче дела царевича на их суд. Отказ самостоятельно вынести решение Петр I объяснил желанием избежать ошибки и разрешить дело максимально объективно. В своем обращении царь сравнил ситуацию личного рассмотрения преступного деяния своего сына с предвзятостью врача при лечении собственной болезни.
В состав Верховного суда вошли светские чины — министры, сенаторы, военные и гражданские сановники, всего 127 человек, и этот суд потребовал от подсудимого дать ответы на дополнительные вопросы о его преступном замысле. Получив эти дополнительные ответы и пояснения царевича, министры и сенаторы повелели сделать выписки из Божественного Писания обоих Заветов, а также из Соборного уложения 1649 года и военного артикула, касающиеся определения наказания, «чего оные преступления достойны».
В Соборном уложении таким образом был отмечен двойной состав преступления. Первый:
«Будет кто каким умышлением начнет мыслить на государское здоровье злое дело, и про то его злое умышление кто известит, и по тому извету про то его злое умышление сыщется допряма, что он на царское величество злое дело мыслил, и делать хотел, и такова по сыску казнить смертию» (статья 1 главы 2). Второй: «Также будет кто при державе царского величества, хотя Московским государством завладеть и государем быть и для того своего злого умышления начнет рать собирать, или кто царского величества с недруги начнет дружиться, и советными грамотами ссылаться, и помочь им всячески чинить, чтобы тем государевым недругом, по его ссылке, Московским государством завладеть, или какое дурно учинить, и про то на него кто известит, и по тому извету сыщется про тое его измену допряма, и такова изменника по тому же казнити смертию» (статья 2 главы 2).»
В свою очередь, исполняя царское указание, духовенство составило письменное заключение — «Рассуждение духовного чина», и 21 июня (2 июля) 1718 года Толстой в присутствии сенаторов его огласил. В «Рассуждении» церковные чины указали на отсутствие полномочий решать такого рода дела:
Тем не менее, «повеление монаршеское исполняючи», духовные чины привели выдержки из Ветхого и Нового Заветов и недвусмысленно повторили притчу о царе Давиде и его сыне Авессаломе. Согласно Священному Писанию, Давид строго приказал своим воинам сохранить жизнь восставшему против него сыну, но те в пылу битвы убили Авессалома, пронзив его стрелами.