В Севастополе в это время происходило следующее. Адмирал Саблин узнал, что немцы не приняли парламентеров Черноморского флота и продолжают наступление на Севастополь. Получив такие известия, адмирал приказал всем судам, могущим идти в море, приготовиться к походу. Оставшиеся корабли было приказано контр-адмиралу Остроградскому, по уходе флота, взорвать, для чего еще раньше была сформирована подрывная партия. В это время немцы уже заняли часть Северной стороны и установили полевую артиллерию и пулеметы на Константиновской батарее, против бонов и на Братском кладбище. Едва корабли дали ход, как немцы в упор открыли по ним огонь. В «Свободную Россию» попало несколько снарядов, причинивших небольшие повреждения в надстройках и легко ранивших пять человек. На огонь неприятеля отвечать было запрещено, так как адмирал не хотел дать лишний повод немцам утверждать, что не выполняются требования Брестского договора, на основании чего они юридически могли бы начать операцию по захвату черноморских судов в свою пользу. На всех оставшихся в Севастополе судах был снова поднят украинский флаг
и в командование ими вступил контр-адмирал Остроградский, известивший украинское правительство и германское командование о том, что не пожелавшие украинизироваться суда ушли в море.Немцы не попытались помешать переходу русских судов, несмотря на то, что еще при вступлении в Крым германское командование запретило русским судам выходить из портов и объявило, что отдало распоряжение своим подлодкам топить все выходящие суда. К вечеру 1 мая все боеспособные суда собрались в Новороссийске, который входил в состав Кубанско-Черноморской Советской республики. В самом Новороссийске тогда сосредоточились почти все главные руководители советской власти на Юге, бежавшие из Одессы и всех городов Крыма. В Новороссийске оказались линкоры «Воля», «Свободная Pocсия», вспомоrательный крейсер, 10 эсминцев, 7 миноносцев и 10 сторожевых катеров. Кроме тoгo, в Цемесской бухте Новороссийска нaходилось до 30 пароходов и транспортов.
На общем собрании экипажей кораблей, находящихся в Новороссийске, а затем по настоянию адмирала Саблина на специальном референдуме была подтверждена его единоличная власть как командующего Черноморским флотом. Из всего состава команд численностью около 3000 человек за вручение власти адмиралу подало 2433, против – 237. Остальные или воздержались, или были за него, но с некоторыми поправками. 4 мая в 8 часов утра на кораблях был поднят Андреевский флаг, и адмирал Саблин вступил в командование флотом. С этого момента корабли обеспечивали охрану города. Флот взял на себя несение всех караулов, которые никого не пропускали после полуночи, не исключая даже революционных властей; пароль же сообщался лишь командирам дежурных кораблей, караулам и патрулям. Все самочинные обыски, разбои, кражи и убийства, бывшие до того времени обыденным явлением в Новороссийске, сразу прекратились. Красноармейцы почти совсем исчезли из Новороссийска. Местный большевистский комитет покинул Новороссийск и переехал в Екатеринодар, центр Кубанско-Черноморской республики.
Флот начал приводить себя в порядок и подтягиваться. Были запрещены увольнения на берег до окончания работ и занятий; выработан порядок дня и вновь составлены и проверены все боевые расписания; во время занятий и работ не допускались митинги и собрания. Под председательством адмирала была образована комиссия из старших начальников для выработки и некоторых изменений караульного и морского уставов. Производились артиллерийские и минные учения и все тревоги. Но через неделю по приходе флота в Новороссийск адмирал Саблин получил от немецкого командования телеграмму с требованием вернуть корабли в Севастополь. Командующий ответил: «Черноморский флот, стоящий в Новороссийске и находящийся под моим единоличным командованием, плавает под русским военным флагом. Суда флота мирный договор не нарушали и никогда не принимали участия в борьбе против германских войск на Украине». При этом адмирал Саблин пытался добиться от немцев подтверждения, что они не будут посягать на корабли Черноморского флота. Но никаких ответов на это он не получал.
Около середины мая неожиданно пришло из Москвы извещение, что главным комиссаром флота назначается некто Глебов-Авилов, бывший комиссаром почт и телеграфов, уже находившийся в Новороссийске. В самых последних числах мая флот узнал о перевороте на Украине. Несколько позже в газетах сообщили о провозглашении донским атаманом генерала Краснова. В Керчи происходило накапливание германских войск, там стояли суда германо-турецкого флота. Некоторые части кубанского казачества мечтали призвать на свою территорию германские войска для освобождения от большевиков. Все это взвинчивало нервы личному составу кораблей Черноморского флота в Новороссийске.