В июне 1905 г. на Черноморском флоте вспыхнуло вооруженное восстание на броненосце «Потемкин». Чухнин с данными ему императором полномочиями «примерно наказать бунтовщиков» принял чрезвычайные меры и не допустил распространения восстания на другие корабли флота. Виновные были жестоко наказаны: руководители восстания расстреляны, сотни матросов пошли под суд, были сняты с постов и должностей старшие офицеры вплоть до флагманов.
11.11.1905 года в Севастополе произошло очередное вооруженное восстание рабочих и матросов Черноморской флотской дивизии, выступивших против властей. В восстании приняли участие крейсер «Очаков» и несколько малых кораблей флота. Севастополь 13 ноября был объявлен на осадном положении. По приказанию Чухнина крепостная артиллерия и корабли флота расстреляли крейсер «Очаков», а войска взяли штурмом восставшие казармы флотской дивизии. Восстание в Севастополе было потоплено в крови. Весь 1906 год шел суд над восставшими, руководители восстания во главе с лейтенантом П.П. Шмидтом были расстреляны. Г.П. Чухнин, несмотря на многие свои положительные качества, всегда отстаивал устои и традиции господствовавшего в тот период общественно-политического строя. Поэтому в период ноябрьского вооруженного восстания он стал известен своей жестокостью во время подавления и расправы над революционерами.
27 января 1906 г. 18-летняя эсерка Е.А. Измаилович обратилась к Г.П. Чухнину с прошением. Когда вежливо принявший ее вице-адмирал углубился в чтение, она достала браунинг и несколько раз выстрелила в него. Г.П. Чухнин был тяжело ранен, а Измаилович в тот же день расстреляна по приказу адъютанта Чухнина во дворе его дома. К лету 1906 года раны стали заживать, и врачи разрешили адмиралу совершать загородные прогулки. 28 июня 1906 года Чухнин, прогуливаясь по саду своей дачи, отдалился от охраны и сопровождающих. В это время прятавшийся в кустах матрос, эсер Я.С. Акимов, дважды выстрелил в адмирала. Пули попали в голову и грудь Чухнина. Акимову удалось скрыться и потом уехать в Америку. Несмотря на то, что адмирала сразу же доставили в Морской госпиталь, он на следующий день умер от сильного кровотечения.
Вице-адмирал Г.П. Чухнин был погребен в склепе нижнего храма собора святого Владимира в Севастополе. За свою более чем 40-летнюю службу «престолу и Отечеству» Г.П. Чухнин был награжден орденами Св. Станислава и Св. Анны всех трех степеней, Св. Владимира 3-й и 2-й ст., а также испанским, турецким и японским орденами. Сын адмирала, названный в честь отца Григорием, 1878 года рождения, пошел по стопам отца, окончил Морской корпус в 1900 году, служил на Черноморском флоте, участвовал в Первой мировой войне, Гражданской войне на стороне белых. После ее окончания, будучи капитаном 2-го ранга, эмигрировал за границу.
В огне бунтов и мятежей в России в XX веке будет убит еще не один командующий флотом.
4.2. Бунты военных моряков в 1906—1907 годах
Это три вооруженных восстания в 1905, 1906, 1907 годах во Владивостоке
, в которых главным образом участвовали матросы, солдаты и рабочие. Завершились они победой правительственных войск. Надо заметить, что эти события тоже были и кровавыми, и с большими последствиями. Просто о них меньше известно. В 1905 году во Владивостоке начали появляться объединения и организации рабочих, служащих и интеллигенции, которые устраивали в городе революционные кружки и митинги. В этом начали участвовать недовольные властью матросы и солдаты Владивостокского гарнизона, насчитывавшего до 60 000 человек. Власть усилила контроль над нижними чинами, запретила матросам и солдатам посещать митинги, участвовать в демонстрациях и увольняться в город. Несколько кораблей заставили покинуть порт из-за участия экипажа в революционной деятельности. Но все это лишь усилило возмущение военных моряков. 30 сентября 1905 года на улицах Владивостока произошла демонстрация, на которую вышли 2000 матросов, 10 000 солдат Хабаровского резервного полка и рабочие порта. А уже в октябре 1905 года в городе произошло первое восстание.